随着两岸关系的缓和及“大三通”时代的正式开启，两岸的教育交流与合作较之以往有了进一步的发展。福建省作为两岸交流与合作的代表省份，推动闽台高校合作办学成为了闽台两地高等教育进行实质性合作的重要项目并取得了一定的成果。但是，由于两岸特殊的政治环境、快速扩张的办学规模、不成熟的办学经验及各类办学政策障碍等多重因素影响下所凸显的办学风险成为了当前合作办学管理者急需正视的问题。本文以闽台高校合作办学风险为主要研究对象，以传统的风险管理理论为基础；结合闽台高校合作办学的特殊性，提出两点理论研究假设，一是合作办学面临的风险属于一类客观存在的现象；二是合作办学的风险能被有效控制。本文主要采取文献分析法及调查研究法来开展闽台高校合作办学风险管理研究；笔者通过对文献、网络等资料的梳理，概述闽台高校合作办学基本现状来透析办学风险；结合风险及风险管理的一般理论及高校风险管理中风险基本分类，创新的提出了与闽台高校合作办学实践相契合的六类风险；由此，结合访谈及问卷调查研究，开展闽台高校办学风险的识别和衡量，利用实证调研结果检验六类风险；风险衡量采取风险五级评估法，利用风险可能性及风险影响力两类衡量指标评估合作办学面临风险的高低。最后，通过分析风险可能性及风险影响力两类衡量指标所获得的风险结果，验证本文研究的两个理论假设；而后，对全文开展实证研究说得出的风险结论进行总结与讨论，从而提出与闽台高校合作办学风险结果及现状相契合的风险应对与控制策略。