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捷蜥蜴（Lacerta agilis）隶属于爬行纲(Reptilia)、有鳞目(Squamata)、蜥蜴科(Lacertidae)动物，广泛分布在欧、亚、非洲，国内主要分布于新疆。该物种已经被收录到《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。 本文利用PCR和长片段PCR方法对捷蜥蜴线粒体基因组全序列及其核基因c-mos序列进行了扩增和测序。从GenBank中下载39个有鳞目物种的线粒体16Sr RNA和核基因c-mos序列，以奥利诺科鳄（Crocodylus intermedius）和非洲侏儒鳄（Osteolaemus tetraspis）为外群，以16S rRNA基因序列及16S rRNA+c-mos基因联合序列为分子标记，并且运用软件MrBayes3.0b4和PAUP4.0分别使用贝叶斯推断法和最大似然法构建了有鳞目的BI（Bayesian Inference，BI）和ML(Maximum Likelihood，ML)系统发育树。所得主要内容和结论如下: 1.捷蜥蜴线粒体基因组全长17，090bp，包括13个编码蛋白基因(ATP6，ATP8，COⅠ-Ⅲ，ND1-6，ND4L，Cytb)、22个tRNA基因、2个核糖体rRNA基因（16S rRNA和12S rRNA基因）以及1个主要的非编码控制区（D-Loop控制区）。另外，其轻链复制起始点(OL)可形成茎环(stem-loop)结构。每个基因都没有出现基因重排的现象，而且它们在位置上、顺序上和方向上都与大多数报道过的有鳞目的多数物种相同。捷蜥蜴线粒体基因组碱基组成具有明显的A+T偏向性，总A+T含量所占百分比为60.3％，明显比G+C含量高。另外，捷蜥蜴线粒体基因组碱基表现出负GC偏斜值(-0.330)及正AT偏斜值(0.038)。 2.捷蜥蜴线粒体基因组13个蛋白质编码基因中，ND1以ATT为起始密码子，COⅠ、COⅡ、ND63个基因以GTG为起始密码子，其余都以ATG为起始密码子。ND1、ATP8、ND4L、ND5、ND6、Cytb6个基因以完全的TAA行使终止密码子功能，COⅠ和ND2则分别以AGG和TAG为终止密码子，ATP6以不完全的TA作为终止密码子，COⅡ、COⅢ、ND3、ND44个基因的终止密码子为不完全T。 3.捷蜥蜴线粒体基因组的22个tRNA基因中，除tRNASer(AGY)缺失T臂，其余21个tRNA基因的二级结构均呈典型的三叶草结构。 4.捷蜥蜴的非编码D-loop区域位于tRNA-Pro基因和tRNA-Phe基因之间，长度是1，688bp，A+T含量为65.9％，高于捷蜥蜴线粒体基因组全序列A+T含量的平均水平。在捷蜥蜴的非编码区存在一些特殊序列:5端有3个终止相关序列:TAS1:5-ACATTATCCTATT-3，TAS2:5-ACATAATACATA-3，TAS3:5-ACATAATACATA-3，3端也有3个的保守序列:CSB-1:5-ATTGTCTTAATGCTTGGTAGACATA-3，CSB-2::5-CAAACCCCCCTACCCCC-3,CSB-3:5-TCGCCAACCCCTAAAACGA-3。 5.基于39个物种（不包括外群）16SrRNA基因和16SrRNA+c-mos基因两个数据集分别构建了有鳞目的BI和ML系统发育树。结果表明:得到的4棵系统发育树拓扑结构基本一致，6个亚目都表现出良好的单系性，鬣蜥亚目与蛇蜥亚目形成姐妹支后，与壁虎亚目聚为一支;然后与蛇亚目相聚;接着再与蚓蜥亚目和蜥蜴亚目相聚。6个亚目的系统发育关系为:（（（（（鬣蜥亚目+蛇蜥亚目）+壁虎亚目）+蛇亚目）+蚓蜥亚目）+蜥蜴亚目）。除了短头蚓蜥科外，其余各科在4棵系统发育树中均表现为单系性，与形态分类结果相符。