机体内很多重要的细胞功能都是在多个亚基组成的蛋白复合物的参与下完成。蛋白复合物结构或修饰的改变会引起功能的变化,导致疾病的发生。研究蛋白复合物结构在疾病发生机制、疾病诊断、监测和靶向治疗等方面都具有重要的意义。蛋白酶体是泛素-蛋白酶体通路的核心蛋白,是一种具有多个亚单位组成的酶活性蛋白酶复合体,主要功能是选择性降解两类蛋白质：一类是错误折叠的蛋白质,另一类就是需要进行数量调控的蛋白质。20S蛋白酶体是由α1-7β1-7β1-7α1-7共28个亚基组成中空的圆桶形的结构。来源于不同组织细胞以及疾病的20S蛋白酶体之间具有不一样活性和功能,并与疾病相关。为研究不同胰腺癌蛋白酶体上的差异,了解胰腺癌的发展和为胰腺癌以蛋白酶体为靶向治疗以及个性化治疗提供一定的信息,本文以四个来源不同的人胰腺癌细胞系(SW1990胰腺癌导管癌病人的脾转移细胞系、PANC-1人原位胰腺导管癌细胞系、BxPC-3人原位胰腺腺癌细胞系、CFPAC-1胰腺导管癌病人的肝转移灶)为研究对象：通过差速离心对细胞全裂解液进行粗分,获得大分子量(蛋白复合物)组分,采用一维Native PAGE方法对大的蛋白复合物进行了分离和制备,得到数个清晰的条带,这些条带经胶内酶切后进行基质辅助激光解吸-飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF MS)分析,用GPS Explorer软件搜索Swiss-Prot蛋白数据库鉴定蛋白；通过2D Native/SDSPAGE.2D Native IEF/Native PAGE对蛋白复合物亚基分子量和等电点进行验证,三组数据对比分析表明,运用超速离心结合Native PAGE法成功分离了20S蛋白酶体。建立了一种基于超速离心结合Native PAGE分离制备20S蛋白酶体的方法,并优化了离心时间和次数、Native PAGE配方和凝胶浓度等条件。将Native PAGE胶上20S蛋白酶体条带回收,运用2D IEF/SDS PAGE分离分析20S的亚基组成,用MALDI-TOF/TOF MS鉴定20S亚基和翻译后修饰,建立了人胰腺癌细胞系20S蛋白酶体的3D Native/IEF/SDS PAGE蛋白质组学方法。运用该方法研究四个人胰腺癌细胞系胞内20S蛋白酶体的亚基组成,质谱鉴定得到20S所有亚基,每个亚基都有多种亚型,共有70多个蛋白点,这些点可能由于不同的翻译后修饰和不同基因的剪切体造成的。深入比较了这四种同性质的人胰腺癌细胞系的20S蛋白酶体的3D Native IEF/SDS PAGE,发现主要差异在免疫蛋白酶体的亚基β1i、β2i上,而免疫蛋白酶体与抗原提呈有关,这可能与肿瘤逃逸机制有关。