近年来我国经济发展迅速,但人们在注重经济增长的同时,却忽视了环境保护与环境价值。面对日益严重的资源破坏与环境问题,建立自然保护区成为了人类保护资源环境的重要措施。自1956年我国建立了第一个自然保护区(鼎湖山自然保护区)以来,自然保护区的建设取得了飞速发展,对资源与环境保护起到了重要作用。但是建立自然保护区却面临着资金短缺等问题,对当地居民的生活生产也有一定的影响,因此建立有效的自然保护区生态补偿机制迫在眉睫。本文以深圳福田红树林自然保护区为研究对象,通过利益相关者分析和问卷调查,确定该自然保护区生态补偿的主体与客体；通过计算和修正自然保护区生态系统服务功能价值量,并结合社区居民的意愿调查,制定自然保护区生态补偿的标准；通过问卷调查和统计分析,明确自然保护区生态补偿的方式以及资金来源。研究表明：深圳福田红树林自然保护区的生态系统服务功能总价值为57689.5×104元／年；生态补偿主体包括各级政府、受益企业和公司,补偿客体为退田还湖的社区居民和保护区管委会；生态补偿标准为9000～13000元／(亩·年)；生态补偿方式以现金补偿为主；补偿资金主要来源于上级财政转移支付和中央财政专项基金；最后提出了自然保护区生态补偿机制的保障措施。