有限责任公司股东瑕疵出资是指股东非根本性地违反出资义务，即在履行出资义务过程中，不完全符合章程的规定。瑕疵出资的深层基础在于出资制度与出资义务。出资制度的价值主体包括股东、债权人、立法者。股东需要效率；债权人需要安全；立法者需要发挥有限责任功能、防止有限责任滥用、实现公司设立便捷、确保公司稳定。资本不为债权人提供安全，故出资制度应该适应效率，促进资本生成并巩固公司独立的基础。出资义务是股东对公司承担的法定、而非约定的义务。出资义务的产生以公司成立、投资者取得股东资格为前提。适应效率需要的出资制度要给予股东出资自治的充分空间。股东出资自治的形式是章程，章程不创设出资义务，只是法定出资义务的具体化，产生公司法、合同法上的效力。瑕疵出资违反章程，包括不适时出资、不适额出资、不完整出资、不适格出资四种一般形态，侵害公司、其他股东的利益，要承担相应的民事责任。瑕疵出资的民事责任包括对公司的侵权责任和对其他股东的违约责任。对公司承担侵权责任的基础是违反对公司承担的出资义务，承担违约责任的基础是违反对其他股东承担的合同义务。承担侵权责任的方式主要包括按照章程履行出资义务、补缴差额、赔偿损失。公司不能放弃要求股东履行出资义务及补缴差额；承担违约责任的方式不能与出资义务的内容同一。公司、其他股东可以同时、分别追究瑕疵出资股东的侵权责任和违约责任。瑕疵出资股东仍受有限责任保护，不直接向债权人承担责任。