胃癌中miRNA-429的表达及其生物信息的初步研究

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目的:我国是胃癌的高发国家。由于对胃癌的筛查未得到普及和重视,多数胃癌患者就诊时已是中晚期,因而耽误了治疗的最佳时间。尽管对胃癌的诊断和治疗技术在不断提高,但其预后仍不理想,五年生存率仅30%左右。因此,对胃癌发生发展及转移机制的研究至关重要。microRNA(miRNA)是一类平均长度约为22nt的单链非编码小分子RNA,通过与靶基因的mRNA3-非翻译区(UTR)完全或不完全互补结合,发挥着类似于致癌基因或抑癌基因的功能,对肿瘤的发生和发展起着重要作用。目前,国内外对miRNA在胃癌中的研究不断深入,其将在胃癌的基因诊断和治疗中发挥重要的作用。本研究探讨miR-429在27例胃癌患者的癌组织及配对癌旁正常组织中的差异表达情况,并研究其与胃癌临床病理参数的相关性,应用生物信息学软件筛查miR-429的靶基因并分析它们可能的生物学功能,从而为阐明miR-429在胃癌发生及发展中的作用机制提供实验依据。   方法:   1.收集27例胃癌患者的癌组织及配对癌旁正常组织,术中取材,立即放入液氮中保存后转入-80℃长期保存。取材患者术前未经放、化疗。TNM分期依据AJCC(AmericanJointCommitteeonCancer)第七版的TNM病理分期为标准。   2.应用定量Realtime-PCR技术检测miR-429在27例胃癌患者癌和配对癌旁正常组织标本中的表达水平。采用2-△△CT方法分析miR-429的相对表达量。   3.应用单因素方差分析法研究miR-429在癌组织中的表达水平与临床病理参数的相关性。   4.通过miRBase数据库检索miR-429的基本信息,分别在miRanda、Targetscan和Pictar三个数据库中对miR-429的潜在靶基因进行预测,筛选出至少两个以上软件都能预测到的基因作为其可能的靶基因。   5.对miR-429的潜在靶基因进行GO分析,注释靶基因的生物学进程,并总结它们的的主要生物学功能。   结果:   1.Realtime-PCR技术检测结果显示:miR-429在27例胃癌患者的癌组织和癌旁配对正常组织中的相对表达量分别为(0.36±0.52)和(0.62±0.66),其在癌旁配对正常组织中的表达量是癌组织中的1.722倍,差异有统计学意义(p<0.05),提示miR-429在胃癌组织中表达下调。   2.统计学方法分析结果显示:miR-429在无淋巴管受侵组的表达量是有淋巴管受侵组的4.744倍(p<0.05),且在组织学中分化组中的表达量是低分化组的3.125倍(p<0.05),即miR-429表达水平越低,淋巴管受侵率越大,并且组织学分化程度越低,miR-429表达水平越低。表明miR-429的低表达与淋巴管受侵、组织学分化有显著相关性(p<0.05),与患者的年龄、性别、肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移和临床分期无关(p>0.05)。   3.miR-429靶基因筛查结果显示:在miRanda、Targetscan和Pictar三个数据库中,两个以上软件都能预测到miR-429的靶基因共有87个,包括MED13、ZEB1、NPC1、PKD1、CRH、IHPK1、GOLGA8A、KLF10、REV1L、GDI2、CDR2、EDNRA、HLF、LRP1、ZEB2等。   4.靶基因GO分析结果显示:miR-429的87个靶基因功能主要包括侵袭转移、间质细胞分化、间质细胞发育、导管生长、细胞骨架机化、胚胎的生长、细胞生物合成的负调节及神经细胞分化等生物学过程。其中ZEB1、ZEB2、PKD1、GDI2、LRP1等可能是miR-429调控胃癌侵袭转移的潜在靶基因。   结论:   1.miR-429在胃癌组织中呈下调表达,提示miR-429在胃癌中可能发挥着类似抑癌基因的作用。   2.miR-429的表达量与淋巴管受侵及组织学分化程度呈负相关,而与患者的年龄、性别、肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移和临床分期无关。提示miR-429可能与胃癌的侵袭转移有关,并可能对胃癌的预后判断起指导作用。   3.利用生物信息学分析miR-429的87个靶基因,结合其发挥的生物学功能表明:miR-429在胃癌中的下调表达,可能通过调控一系列靶基因的表达,进而引起了胃癌细胞多种生物学特性的变化。
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