教育部从2002年10月开始实行国库集中支付改革试点；2005年开始全国高校全面实施国库集中支付制度：这对高校内部审计产生了深远的影响。研究国库集中支付制下高校内部审计的特点、难点及应对措施,对于加强高校管理,提高高校效益,规避高校风险,杜绝高校领导干部违规违纪行为具有深远的理论意义和实际意义。本文采用规范研究的方法,详细阐述如何建立和健全国库集中支付制度背景下高等学校的内部审计的方式、方法,以应对国库集中支付制度对高校内部审计提出的一系列新要求。本文首先结合公共预算和内部审计的理论知识,从审计时间全程化、审计业务多样化、审计职能全面化、审计方式科学化等四个方面详细阐述了国库集中支付制度对高校内审的影响;从内部控制和审计机构自身建设两个方面分析了高校内审的难点问题；然后针对这些影响和难点问题,从内部控制审计、预算执行和决算审计以及审计机构自身建设三个方面,提出了国库集中支付制度下高校内部审计的应对措施：在内部控制审计方面,针对高校内部控制环境不佳,缺乏健全的风险管理机制,控制活动存在薄弱环节,信息交流沟通不顺畅,监督检查时有失效的问题,提出了实施内部控制自我评估,保证内部控制制度的有效执行,确保内部控制制度健全性等措施；在预算执行和决算审计方面,提出了加强预算管理审计,预算执行审计,预算决算审计等措施；在审计机构自身建设方面,针对当前内审机构缺乏独立性和客观性,内审人员素质不高的问题,提出了加强审计机构自身独立性,提高审计人员综合素质等措施。