城市创新系统与风险投资的本质决定了两者间以科技产业为媒介，以资本市场为重要对接点，相互作用、相互联系，形成了动态、开放的互动运作网络，这一网络良性互动的实现对风险投资体系的顺畅运行，对城市创新系统的持续发展，进而对城市、国家经济的可持续发展都有重大的战略意义。 在此分析基础上，本文结合定性分析，采用数据包络分析(DEA)模型，选取我国各地区先进城市，对风险投资在城市创新系统中的运作绩效进行量化，并站在本课题的角度，追究其深层次原因在于风险投资体系与城市创新系统的“对接”没有切合，产生磨擦，尚未形成本文所描述的两者良性互动运作的局面。因此，风险投资的发展必须降低成本，而降低成本必须结合城市创新系统来解决。 文章最后部分从交易成本的角度以风险投资基金为描述主体，对风险投资成本进行界定、分析，并结合我国城市创新系统与风险投资体系二者对接不畅的现状，具体解释我国风险投资总体发展质量不高的原因。风险投资在发展过程中，不断演变，已经形成了一套科学有效的内部成本控制机制。但风险投资在我国的发展中，由于与城市创新系统的对接不畅，使得交易成本增加，交易成功率降低，阻碍了风险投资事业的发展，对接点的不畅应主要依靠城市创新系统的改进来解决，靠创新系统中的政府协调、引导来推动。在提出解决建议时，总结先进城市的经验并结合自己实习的体会具体进行阐述。