蓝氏贾第虫（Giardia lamblia）和芽囊原虫（Blastocystis）是人和大多数动物重要的人兽共患机会性肠道原虫。艾美耳球虫（Eimeria spp.）是大多数动物包括兔子在内的重要机会性肠道原虫,这3种肠道原虫的流行呈全球分布。肠道原虫的卵囊、包囊及孢子在外界环境中能够长期存在。人或动物感染后,会导致机体出现不同程度的临床症状,如精神萎靡、机体消瘦和胃肠道疾病等。兔子一旦感染这3种肠道原虫,可引起兔发育迟缓、生产性能降低和营养不良等疾病,甚至造成死亡,严重威胁我国养兔业的健康发展。然而,目前关于这3种肠道原虫感染兔的流行病学调查在国内寥寥可数。因此,为评估养兔业肠道原虫的流行情况,本研究对山东省养兔业发达的两个城市（日照市、威海市）的兔肠道原虫进行了虫种/基因型鉴定和流行病学调查。本研究从山东省收集616份兔粪便样品,其中日照市490份,威海市126份。通过巢式PCR扩增蓝氏贾第虫的bg（β-贾第素）基因位点、gdh（谷氨酸脱氢酶）基因位点和tpi（磷酸丙糖异构酶）基因位点,鉴定兔蓝氏贾第虫的感染率和基因型。检测发现有69份样品呈蓝氏贾第虫阳性,感染率为11.2%（69/616）。其中日照市的兔蓝氏贾第虫感染率为8.4%（41/490）,威海市的感染率为22.2%（28/126）。在3个品种的兔中,Tolai野兔的蓝氏贾第虫感染率最高为23.1%（51/221）,其次是新西兰大白兔的感染率为7.3%（15/207）和长毛兔的感染率为1.6%（3/188）。统计学分析显示,蓝氏贾第虫感染率在3个品种的兔中差异性显著（P＜0.05）。通过序列分析,鉴定出兔蓝氏贾第虫的3种集聚体（Assemblages）,分别为集聚体A、B和E,其中集聚体E是感染兔的优势基因型。本研究基于艾美耳属（Eimeria spp.）的第一内转录间隔区（first internal transcribed spacer,ITS1）序列进行PCR扩增。结果显示,山东省的兔艾美耳球虫感染率为20.0%（123/616）,并鉴定出5种兔艾美耳球虫（包括肠艾美耳球虫、穿孔艾美耳球虫、大型艾美耳球虫、中型艾美耳球虫和无余艾美耳球虫）,其中穿孔艾美耳球虫是感染兔的优势虫种。通过分析,发现阳性样品中存在多种艾美耳球虫混合感染的情况。统计学分析显示,兔艾美耳球虫感染率在兔的不同品种、地区、性别和饲养模式间差异性不显著（P＞0.05）。本研究基于芽囊原虫的小亚基核糖体RNA（small subunit ribosomal RNA,SSU rRNA）序列,对兔粪便样品进行PCR扩增。检测发现有6份样品为芽囊原虫阳性,感染率为0.97%（6/616）。通过序列比对和系统发育进化分析,鉴定为芽囊原虫的人兽共患ST4基因亚型。统计学分析显示,芽囊原虫感染率在兔的不同品种、地区、性别和饲养模式间差异性不显著（P＞0.05）。综上所述,本研究对我国山东省兔3种肠道原虫的感染率和虫种/基因型进行了研究分析,评估3种肠道原虫对兔健康的危害性及人兽共患的风险性。本研究在国内首次发现兔感染蓝氏贾第虫集聚体A,在山东省兔养殖场内首次发现芽囊原虫的流行,并鉴定为ST4基因亚型。通过分子流行病学研究分析可以观察这3种肠道原虫在我国养兔业的流行动态,能够准确追踪以及调查疾病的暴发,为预防和控制兔肠道原虫病的流行提供了参考信息。