【摘 要】
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目的膀胱癌是泌尿系最常见的肿瘤,男性发病率高于女性,且有高复发的临床特点。但复发的机制仍然不清楚,迫切需要阐明膀胱癌的病理生理机制。而构成膀胱肿瘤微环境的基质细胞和免疫细胞在肿瘤的侵袭与转移过程中起着关键作用,但目前对膀胱癌转录组数据的解释主要围绕着癌细胞,却忽略了基质细胞和免疫细胞在肿瘤进展过程中的作用。本研究基于癌组织的转录组数据探究了肿瘤微环境对膀胱癌预后的影响。方法基于从癌症基因组图谱(t
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目的膀胱癌是泌尿系最常见的肿瘤,男性发病率高于女性,且有高复发的临床特点。但复发的机制仍然不清楚,迫切需要阐明膀胱癌的病理生理机制。而构成膀胱肿瘤微环境的基质细胞和免疫细胞在肿瘤的侵袭与转移过程中起着关键作用,但目前对膀胱癌转录组数据的解释主要围绕着癌细胞,却忽略了基质细胞和免疫细胞在肿瘤进展过程中的作用。本研究基于癌组织的转录组数据探究了肿瘤微环境对膀胱癌预后的影响。方法基于从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载的426例膀胱癌转录组数据应用 ESTIMATE(estimate of stromal and immune cells in malignant tumors using expression data)算法,得到各个样本的免疫分数和基质分数,从而把样本分为两组:免疫分数高分组和低分组(或者基质分数高分组和低分组),进行差异分析,发现了一些差异基因与患者预后差相关。然后执行了 cox 比例风险回归分析、蛋白蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析以探究这些差异基因之间的关系。此外,还进行了 GO(gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析探索差异基因潜在的功能。最后,在一个独立数据集中验证了这些结果。结果经过分析得到136个膀胱癌肿瘤微环境相关基因,与膀胱癌预后差相关。GO分析和KEGG通路富集分析发现这些基因主要参与细胞外基质、黏着斑和磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路,,PPI发现一些重要的基因包括VCAN、THBS1、THBS2和AHNAK2等。最后,得到的结果在一个独立的GEO数据集中进行了验证。本研究发现了 27个与膀胱癌预后相关的肿瘤微环境相关基因,其中AHNAK2基因可以作为独立的预后因子。结论本研究发现了 27个膀胱癌肿瘤微环境相关基因,它与膀胱癌预后差相关,这些基因可能为患者预后判断提供新的标志物。图6表3参102
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