溶解氧（Dissolved Oxygen,DO）是衡量水体中的生物生长状况和污染程度的重要指标,也是维持生物生存和生态平衡的关键环境因子之一。溶解氧不足时,机体的生长发育、呼吸、新陈代谢、繁殖及免疫功能等各种生化反应和生理功能均会受到影响,严重时会发生死亡。随着全球气候变暖和水体富营养化引发的一系列生态问题的出现,水体低氧化现象越来越严重。军曹鱼（Rachycentron canadum）作为暖水性鱼类,是我国南方海水网箱养殖的重要经济鱼类之一,受自然因素和人为因素的影响,在养殖过程中易出现低氧现象。肠道作为鱼类消化和吸收营养物质的主要场所,免疫调节的重要器官,对鱼体健康起着重要作用。但目前关于低氧对军曹鱼肠道的影响研究还是有限的。因此,本研究以低氧（3.15±0.21）mg/L水体中养殖28 d的军曹鱼幼鱼肠道为实验材料,从酶活、组织学、转录组和代谢组方面研究军曹鱼肠道应对低氧胁迫的生理响应机制。主要研究结果如下:1、低氧胁迫对军曹鱼肠道消化酶活性、肠道形态结构及紧密连接蛋白基因表达的影响低氧胁迫后,军曹鱼幼鱼肠道消化酶活性、肠道形态结构及紧密连接蛋白相关基因m RNA表达发生变化。肠道消化酶活性呈降低的变化,其中,淀粉酶和脂肪酶活性均极显著低于对照组,胰蛋白酶活性显著低于对照组。肠道形态结构发生显著改变,即显微观察下,肠道的黏膜皱襞高度和肌层厚度均极显著低于对照组,绒毛宽度显著低于对照组;透射电镜观察显示,与对照组相比,低氧组军曹鱼幼鱼肠道微绒毛排列杂乱、萎缩、脱落,紧密连接部分出现间隙,细胞与细胞之间边界模糊不清,细胞结构不清晰。此外,肠道紧密连接蛋白相关基因的表达量呈现不同程度下调,其中ZO-1和Claudin-4的表达量均极显著低于对照组,ZO-2、Occludin的表达量均显著低于对照组。综上,低氧胁迫会抑制军曹鱼肠道消化酶活性,破坏肠道形态结构进而导致肠道紧密连接蛋白相关基因的低表达。2、低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组学分析利用转录组学测序技术对低氧胁迫28 d的军曹鱼肠道进行研究,共鉴定出1017个差异表达基因（DEGs）,其中247个上调基因,770个下调基因。KEGG通路富集分析表明,共有439 DEGs个被注释到KEGG通路,其中62条信号通路被显著富集,包括谷胱甘肽代谢、脂肪消化吸收、细胞色素P450的异生素代谢、胆汁分泌、精氨酸和脯氨酸代谢、组氨酸代谢、矿物质吸收、甘油脂代谢、三羧酸循环、糖酵解/糖异生、脂肪酸代谢等多条重要的代谢通路。DEGs功能分析表明低氧影响了军曹鱼肠道的抗氧化和解毒功能、氨基酸代谢、糖脂代谢及离子转运功能。3、军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧组肠道转录组测序结果进行SNP检测,并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释。结果显示,军曹鱼转录组SNP位点分布在26120条SNP-Unigene上,共检测到431845个SNP位点,SNP平均发生频率约为1/171 bp。SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要与信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等生物过程有关。进一步筛选到PI3K-Akt信号通路等10条参与低氧调控的重要信号通路。基于转录组差异基因分析,检测了MAPK信号通路等5个重要免疫通路中15个免疫相关基因的SNP位点分布情况。同时,也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况。研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考。4、低氧胁迫下军曹鱼肠道代谢组学分析利用非靶向代谢组学测序技术对低氧胁迫28 d的军曹鱼肠道进行研究。结果显示,正离子模式下鉴定到211种差异代谢物（SDMs）,其中58种上调,153种下调;负离子模式下鉴定到123种代谢物,18种上调,105种下调。通过对差异代谢物进行通路富集分析,发现SDMs主要富集谷胱甘肽代谢、鞘脂类代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、亚油酸的新陈代谢、缬氨酸,亮氨酸和异亮氨酸降解、组氨酸代谢等代谢通路。SDMs分析结果表明低氧胁迫后军曹鱼肠道的抗氧化功能、氨基酸代谢和脂代谢受到影响。