明清时期山东运河沿线分布着众多湖泊，以济宁为中心，分为北五湖和南四湖两大湖群，北五湖包括安山湖、南旺湖、马踏湖、蜀山湖和马场湖，南四湖包括微山湖、昭阳湖、独山湖和南阳湖。明清时期是南四湖和北五湖形成发展的重要时期，一方面，这两大湖群的变迁对明清大运河以及当地社会经济产生了重要的影响，另一方面人类对两大湖群的开发利用也影响着这两大湖群的发展。明清时期为了解决山东段运河水源不足的问题，采取的措施之一就是将沿运湖泊设置为“水柜”，以此来调节运河水量。为了维护漕运的畅通，明清时期十分注重对运河“水柜”的管理和维护，一方面经常进行工程维护，另一方面进行了相关的立法建设，在一定时期内也收到了成效。但是明清“水柜”设置之后，很快便出现了官方“维护水柜”与农民“围湖垦田”的矛盾，这一矛盾在北五湖地区体现的尤为突出。围绕着各自利益，官民之间展开了激烈的矛盾冲突。最终，伴随着清代漕运的衰败，这场官民之间的博弈也以“围湖造田”的胜利而告终，滨湖居民获得了湖田，而北五湖则消失在历史的长河里。与此同时，南四湖的命运却大相径庭。由于地势低洼，黄河泛滥，以及明清时期修建的一些水利工程的影响，南四湖尤其是微山湖的面积不断扩大，这也导致滨湖州县的水旱灾害频发，其中尤以济宁、鱼台、滕县、沛县为重。频繁的水旱灾害给滨湖居民的生命财产带来了深重的灾难，也影响到漕运的畅通和社会的安定。明清政府在灾害发生后，采取了诸多手段进行赈济，而南四湖地区由于其特殊的地理位置，灾荒的救济也有一些不同于其它地区的特点。此外，水旱灾害还导致移民问题的出现，清末微山湖地区发生的“湖团案”是移民冲突的典型事件。