2017年7月,行政公益诉讼制度被正式纳入新修订的《行政诉讼法》之中,根据项规定,明确检察机关是提起该类诉讼的唯一适格主体。行政公益诉讼制度初步建立缺少了相关配套措施和法律规定,导致了该制度在实际的运行中出现了许多问题,其中,关于行政机关与检察机关如何分配举证责任的问题则首当其冲。综合目前司法实践的情况来看,主要出现了行政机关与检察机关对待证事实举证责任分配不明确、行政机关消极应诉怠于履行举证义务以及检察机关承担举证责任过重等问题。本文以行政公益诉讼举证责任分配的相关理论作为起始点,以大陆法系举证责任分配理论作为基础,分析能够影响行政公益诉讼举证责任分配的因素,并结合我国法律相关规定以及司法实践中案例提出了行政公益诉讼应当遵循的三项原则,即公平分担原则、经济与高效原则、正当取证与处分原则,并提出行政公益诉讼举证责任分配制度的设计构想。本文除引言外,共由四个部分组成。第一部分为行政公益诉讼举证责任分配基本内涵,本部分对行政公益诉讼的概念以及特点,行政公益诉讼举证责任分配之原则进行分析和行政公益诉讼理论争鸣。本部分应有客观举证责任、主观举证责任和该制度的特色界定三个维度。其中前两者作为举证责任的通行规则应是概念部分的应有之意,而因行政公益诉讼举证责任的特殊主体和特殊制度价值,其独特性应被列入考虑范围,作为举证责任架构的特殊模块分析。而行政公益诉讼举证责任分配之原则是举证责任分配模式的顶层建筑,法治原则提供政策性指引,比例原则使行政行为合理性成为待证事实,价值衡量原则在实践中可以独立发挥作用,独有的公正性原则要求重视行政公益诉讼本身的特殊性,而实质正义原则重视要尊重行政公益诉讼的合理差异性。在现行理论界中,对于行政公益诉讼举证责任分配理论尚有争议。有学者认为,应当遵循传统“谁主张,谁举证”的公平分配论,但是鉴于行政行为的专业性,检察院往往面临难以探知的境地,造成举证困难。而“举证责任倒置论”作为行政诉讼的通行举证规则,一定程度上助长检察院恣意性。行政机关承担更重责任论忽视了行政公益诉讼的阶段属性。检察院承担初步举证责任,行政机关不因此免责论则对行政公益诉讼的时间阶段性重视不明确。第二部分分析归纳行政公益诉讼举证责任分配制度现状,在试点中,行政公益诉讼呈现的特点如下:诉前程序结案率高、检察院胜诉率高、新诉讼类型出现、检察院诉讼前期程序较为繁琐等特点。基于“一决定三解释”的颁布后,行政公益诉讼正式具备了直接法律依据。但是单就公益诉讼来说,法律配备还是不够完善,没有形成体系化。而公益诉讼本身在行政诉讼中的法条位置,似乎得出公益诉讼的举证责任也作为行政诉讼举证责任的下位概念的解释。在实践司法运行中,行政公益诉讼的举证责任分配则逐渐显现出独立于行政诉讼举证责任的形式,并且趋于统一。基于典型案例的指引,可以得出一般由检察院承担近乎完整的举证责任、行政机关一般只做程序性抗辩、检察建议实际承担举证功能等特征。第三部分为行政公益诉讼举证责任分配制度存在的问题。从立法配置来说,显然我国行政公益诉讼举证责任分配法律存在缺位,造成了供给不足缺乏统一适用标准的问题。而由于行政公益诉讼本身位于行政诉讼当事人一章,其结构不合理,导致面临行政公益诉讼举证责任的独立性规则面临理论困境。而实践中的举证责任配给亦存在失衡,检察院往往承担过多的举证责任,在实体举证责任方面近乎是承担了所有,这一定程度上抑制了行政公益诉讼的受案范围,削弱了检察院的监督效率。诉前程序的举证责任也因此而缺乏诉前程序是否应当进入诉讼程序的统一认定标准,而检察建议的规范性也未作为证明对象容易诱发制度危机,无强制调查取证权语境下的检察院的证明能力亦为作为考虑因素纳入举证责任模式建构。客观举证责任的缺失导致制度缺乏严厉性,行政公益诉讼中应纳入客观举证责任的适用,免于造成诉讼延迟、诉讼突袭和摸索证明,有利于举证期限立法目的的实现,规范诉讼手段,促进诉讼效率。国家或社会公共利益的受损出现新的情况时适用标准是适用二审还是再审,亦是需要制度回应的问题。第四部分为对我国行政公益诉讼举证责任分配制度问题地解决措施。其一,明确初步举证责任的构建,检察院承担初步举证责任,行政机关不免除义务,法院亦根据行政公益诉讼的阶段性具有不同程度的义务。其二,明确诉讼举证责任分配,根据检察院的调查取证能力的阶段性解放,对举证责任的配比进行平衡。尊重公益诉讼的独特性,从公平原则出发、重视检察院的特殊身份地位。其三,确立二审中行政公益诉讼举证责任分配模式,明确二审中审查范围有限原则,“逾期证据”原则上失去证据能力。其四,构建专业鉴定配套制度,纳入行政公益诉讼鉴定制度和行政公益诉讼专家辅助人制度配套,全面建立专业评估机制,加强举证能力的同时规范双方专业化水平,精准靶向公益修复。将公益恢复问题和法律监督问题分门别类,专项对待,专项处理。其五,构建庭审中心视角下的举证责任分配制度,发挥集中审理、连续审理的优势,重视诉前程序与诉讼程序的对接流畅,强调庭审本身应具有连续性,发挥制度功能优势。