目的：通过对肛瘘切除基底缝合引流术与肛瘘切除引流术两种术式的比较,观察和评价肛瘘切除基底缝合引流术在治疗低位肛瘘的术式优劣及临床疗效评价。方法：收集成都中医药大学附属医院肛肠科2012年1月到2013年7月符合纳入标准的60例住院病例,将60例患者随机分成试验组和对照组,其中试验组30例采用肛瘘切除基底缝合引流术,对照组30例采用肛瘘切除引流术。观察两组病例在切口愈合时间、术后瘢痕大小、手术操作时间、术后创面大小、术后出血、术后疼痛、术后切口水肿、肛门功能及随访半年内的复发情况等相关因素的比较,应用统计学软件SPSS17.0对结果进行分析,以α=0.05为水准进行双侧检验。结果：试验组在伤口愈合时间、术后瘢痕大小、术后出血等方面明显优于对照组,存在显著性差异(P<0.05)；而在术后第1天、第2-4天、第5-7天肛门疼痛、切口水肿、术后继发感染、肛门功能影响及随访半年复发情况等方面两组无显著性差异(P>0.05)；手术时间对照组低于试验组(P<0.05)。结论：瘘管切除基底缝合引流术在治疗低位肛瘘上,不仅能有效的治疗肛瘘,而且缩短了术后切口愈合时间、减小切口愈合瘢痕大小,保护术后肛门外形,符合当前外科微创化、人性化发展趋势,证明了瘘管切除基底缝合引流术是治疗低位肛瘘的一种良好的术式。