1978年以来，我国农村经济体制改革基于家庭联产承包责任制的双层经营体制大大解放了生产力，带来农村集体经济的快速发展。但随着城市化发展的加速，农村集体经济产权制度出现了许多新的问题，如由于动迁形成的失地农民的长效生活保障问题，农民对土地的权益问题，农村利益分配中存在的公平和效率问题，农村基层组织的凝聚力问题，这些问题直接关系到在改革开放中“三农”问题能否有效妥善的解决好，关系到社会主义新农村能否建成，关系到和谐社会的构建，为此迫切需要从制度层面加以分析和解决。本文以上海市闵行区为研究对象，通过对不同村集体经济的实地调研，以产权制度经济学的相关理论为依据，深入分析村级集体经济产权制度存在的问题，基于农村集体经济内涵与形式，提出因村制宜发展村级集体经济体系。村级集体经济制度会以多种形式混合存在，提出的社区股份合作制源于农村的城市化、工业化，是村级集体经济组织产权制度的一种新的形式，通过闵行区村级集体经济产权制度的创新实践案例，根本目的在于统筹城乡发展，破解城乡二元结构中存在的问题，以形成村级集体经济制度的新思路，并逐步建立一系列相配套的外部措施，同时为其他地区的集体经济产权制度创新提供借鉴。