基因表达的原位检测能够在细胞和组织层面上提供其空间位置信息,受到广泛的关注和应用。但同一基因通过选择性剪接可能产生多个具有不同时空特异表达的剪接体,最终不同的剪接体翻译成蛋白并行使生物学功能。因此,探索基因选择性剪接的空间表达,具有重要的生物学意义。本文旨在开发一种新型RNA多重原位检测技术,并应用于造血干细胞中的具有高度细胞特异性的基因选择性剪接的研究中。首先,我们利用人类血液肿瘤细胞系K562作为研究的基础模型,其能分化成为成熟血细胞(Erythroblasts,EBs)和巨核细胞(Megakaryocytes,MKs),通过流式细胞术检测K562的分化效率,利用RNA原位检测技术对特异性表达的基因进行细胞层面的空间定位,并与转录组测序(RNA-seq)所得的基因表达值进行比较,证实方法对于基因表达检测的可行性。其次,基于K562,EBs和MKs的RNA-seq数据分析,我们挑选选择性剪接事件进行RNA原位检测实验,并进一步优化为RNA多重原位检测。结合测序分析的结果选择12种环状RNA(Circular RNA,circRNA)在K562、EBs这两种细胞系上进行检测。利用该方法检测选择性剪接事件,并通过选择性剪接事件的分析结果,成功将这两种细胞系进行分型。最后,我们将最优的条件应用到小鼠骨髓切片中,先将小鼠的骨髓微环境分为17种不同的细胞类型,分别选取47种不同的特异性基因和29种不同的circRNA对其进行RNA多重原位检测,从而对骨髓微环境基因表达图谱进行原位分析,探究小鼠骨髓微环境的基因之间可能存在的关系网络。综上所述,我们已经成功利用该方法检测到了不同细胞类型的特异性基因和选择性剪接事件,并成功在造血干细胞层面进行分型,且在小鼠骨髓切片中成功观察到单细胞层面的空间结构。由于造血干细胞的分型相当复杂,基于此方法具有较高的特异性及灵敏度,因此有望应用于干细胞的基础研究,以及基于选择性剪接的RNA原位检测,具有称为一项新型的临床诊断手段的潜力。