随着高等教育现代化改革的深入,二级学院作为大学内部的办学实体是深化高校改革的重要部分。完善大学内部二级学院的治理结构与实现二级学院治理结构的现代化已经成为新的研究热点。在当前全面实现现代化的背景下,选取二级学院的治理结构进行研究,既能为其完善提供参考,又能激发二级学院办学活力,促使二级学院更好的发挥功效。首先,本研究以自组织理论和治理现代化理论为理论基础,并对二者结合的可能性进行了探讨。因为二级学院的治理结构在实现治理现代化的过程中具有开放性、非平衡态、具有非线性作用和涨落等实现有序的条件,所以这为我们用自组织的视角去分析二级学院治理结构实现现代化的应然状态,并指导二级学院的治理结构实现现代化提供了可能。其次,文章采用了文献研究法、政策文本研究法与比较研究法研究了二级学院治理结构的类型与目前实现现代化存在的困境。笔者选取了13个大学的章程与其中25个二级学院的规章制度,并在此基础上对本文进行了细致研究,通过对比研究发现,几种类型的二级学院治理结构各有特点。在研究规章制度与二级学院实际治理结构相结合的情况下,梳理出三种具有代表性的二级学院治理结构类型:党政分工合作型的治理结构、行政主导型的治理结构以及党政学协同型的治理结构。接下来,本文在分析了自组织理论的适用性之后,以自组织视角提出了二级学院治理结构要实现现代化的应然状态:在组织结构扁平中实现自催化、在权力关系共治中实现自反馈、在决策程序规范中实现自创生这三点。根据以上研究的维度,为了对这几种类型的治理结构进行更好的了解,本文对25个二级学院进行实景化分析,研究了二级学院治理结构目前在实现现代化过程中存在的困境。我们发现大学二级学院治理结构存在着党委会虚多实少且组织机构非平衡态失衡、权力开放性不足且因人而异、决策缺乏约束且治理能力参差不齐这三个方面的问题,并选取了国外大学的代表性二级学院进行治理结构的研究,有选择性的为我国二级学院治理结构的完善提供借鉴。最后,本研究以自组织理论为视角对二级学院治理结构现代化提出了完善路径。一方面通过保障学术组织的地位、精简组织,权力重心下移等方式引导非平衡态发展;另一方面通过增强二级学院自主性、保障多元主体参与、增强二级学院之间的合作交流等方式增加二级学院治理结构的开放性,进而实现权力关系的协同;最后,通过建立多主体的决策信息共享平台、完善决策规章制度和监督机制去发挥非线性作用,使决策程序更加规范。