改革开放30年来，我国的农业发展取得了举世瞩目的成就，农业科技对农业发展的促进作用日益突出，成为农业发展的第一推动力。在不断加大对农业科技投入的同时，提升农业科技资源的配置效率，提升农业科技资源配置的集约化、竞争力和可持续性，是发展农业科技的关键。另一方面，国家级农业科研机构在农业科研领域具有关键地位，在加快国家创新体系建设、深化科技体制改革、深化科研机构改革的背景下，研究它们的科技资源配置效率及影响因素，具有重要的现实意义。本文在研究资源配置效率理论、新制度经济学理论、熊彼特的经济发展等相关理论的基础上，以中国农业科学院31个研究所（以下简称中国农科院）为研究对象，以2004-2011年的相关数据为支撑，运用数据包络分析法（DEA）的CCR模型、BCC模型和Malmquist生产率指数方法，研究国家级农业科研机构的科技资源配置效率，并以模型得到的综合技术效率值为因变量，以14种影响因素为自变量，构建第二阶段的Tobit模型，分析配置效率的影响因素。全文结论如下：1.中国农科院的人员投入、经费收入和支出、课题数、固定资产以及科技产出，在2004-2011年间都实现了快速增长。同时，从事科技活动人员比例、科技活动经费内部支出占经费内部总支出的比例都呈现上升趋势。2. BCC模型结果显示，2004-2011年间，中国农科院大约3/5的研究所的资源配置不处在有效的前沿面，大约3/4的研究所的规模收益处于递减或不变状态。分类型研究所中，综合技术效率均值、全要素生产率增速由高到低排序，分别是农业事业单位、非营利性科研机构和拟转企科研机构，并且农业事业单位的配置效率明显优于拟转企科研机构。3. Malmquist指数分析结果显示，2004-2011年间，由于技术效率和技术进步变动的综合影响，中国农科院全要素生产率（TFP）呈现先下降再上升的整体趋势，但只有一半左右的研究所全要素生产率总体上升。同时，科技进步对TFP的推动作用非常明显，而技术效率有所下降。4. Tobit模型结果显示，人员结构的优化、人员工资保障度的提升、政府经费投入比例的增加以及论文质量、课题总数、课题类型中应用研究和基础研究课题占比，都对优化配置效率有积极的促进作用。同时，研究机构所在省份的经济发展水平不会对配置效率产生显著影响，但所在省份的开放程度、农业产值占生产总值比例，对配置资源存在正方向的影响。另外，科研机构改革因素对效率影响显著，并且农业事业单位优势突出，拟转企科研机构效率下降。最后，制度性因素对效率有正向的影响，但不显著。根据以上结论，提出相应的政策建议：继续加大对国家级农业科研机构的各项投入，改善国家级农业科研机构人力和财力投入的规模和结构，改善在研课题的规模和结构；同时充分利用技术进步所带来的推动作用，关注制度性因素；最后，进一步深化科研机构改革，重点关注农业事业单位和非营利性科研机构。