用于番鸭亲子鉴定的微卫星分子标记筛选

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在现代育种中,为了获得对应市场需求的品种,有时候就需要进行选育杂交,选育就需要知道亲本和子代的关系,这就需要从系谱中获取,所以系谱记录是否准确就关系到选育的结果,因此亲子鉴定体系的建立尤为重要。本研究为了筛选出用于建立番鸭亲子鉴定体系的微卫星位点组合,对多个微卫星(STR)位点的多态性和排除概率进行分析,使用筛选出的合适的位点进行组合,建立番鸭亲子鉴定体系,来检测育种群体的系谱记录错误率,为个体的选育提供参考,来减少由于系谱记录错误造成的损失。本研究的实验样品是N101和N104品系番鸭,共1056只,其中N101品系96只为随机抽样,N104品系960只番鸭(27只为父本,397只母本,536只父母本系谱对应子代)为按家系采样,用于亲子鉴定体系准确性的验证。用30个STR对样本进行基因型分析,剔除不能成功扩增的位点,分析其余位点的遗传多样性信息并计算其联合排除概率,用以确定番鸭亲子鉴定体系的建立。研究结果表明:30个微卫星位点中有20个位点可以成功扩增,其中有19个位点的条带清晰,扩增效果良好。对20位点进行多态性分析,发现其中APH15和APH18只有一个基因型,没有多态性,另外18个位点的平均等位基因数为6.1个,平均观察杂合度为0.674,平均期望杂合度为0.615,平均多态性信息含量为0.550,其中6个为中度多态性位点,12个为高度多态性。在18个位点中,发现当累计位点数达到13个时,CEP-1P、CEP-2P和CEP-PP分别为0.99001、0.99971、1,分别大于99%、99.9%、99.99%,可作为番鸭亲子鉴定的核心位点,为了增加准确率,将累积位点增加到15个,此时的CEP-1P、CEP-2P、CEP-PP为0.992351376、0.999808091和1,分别大于99%、99.9%和99.99%。结论:本研究筛选出15个微卫星分子标记(APH04、APH20、APH23、APL77、APL80、APL82、APL83、CAUD011、CAUD013、CAUD026、CAUD037、CAUD070、CAUD075、CAUD092、CAUD114)构建番鸭亲子鉴定体系。
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