随着家庭联产承包责任制的实行和国家民主化进程的演进,村民自治作为一种全新的基层民主制度安排进入人们的视野。30多年的实践反复证明中国农村的村民自治有助于农村的发展稳定,有利于国家的长治久安。它是有中国特色社会主义民主的一种重要形式,同时也是在新的历史条件下农村治理的一种有效方式。在中国农村村民自治的实践中,“两委”关系不协调的问题日益凸显,严重威胁到党对农村的领导和村民自治的正常运行,威胁到农村的经济发展和社会稳定,由此“两委”关系问题就成为中国村级治理的关键问题。为了摆脱农村党支部在两委关系中的困境,基层党组织试图通过“两票制”、“两推一选”、“一肩挑”、“一制三化”等党支部换届选举的机制创新,把党支部建立在民意表达的基础上,实现农村党支部与村委会权力来源和制度规范的内在统一,以适应村民自治发展的需要。然而,以上四种制度创新并不能从根本上解决“两委”深层次的矛盾。因此,本文从“两委”的历史渊源写起,按照“两委”职能演变的历史脉络,找到“两委”矛盾的症结所在,并通过分析现阶段解决“两委”矛盾的制度设计,发现其历史进步意义,同时找出不足,并试图从找准“两委”各自的定位、发展农村经济、提高村支“两委”素质方面提出调适对策,以期对我国村民自治的进一步完善作出有益的探讨。