鱼类分类学是生物分类学的重要组成部分，而明清时期是中国传统生物分类方法发展的一个高峰。本文立足鱼类资源丰富的福建省，以鱼类分类方法的发展为切入点，分析鱼类鉴别的主要性状、鱼类资源的认识拓展、鱼类分类体系的构建、鱼类命名及名称演化等方面。本文最后探讨了民国时期西方科学传入后对中国传统鱼类分类方法的影响，并选取民国时期四种引入西方科学的地方志对中西体系的碰撞问题进行探讨。本文第一章主要阐述本论文写作的源起，关注的问题，相关学术史，及本文应用的核心史料。本文第二章以福建省第一部省志《八闽通志》中的鱼类物产为起点，辅以明清时期的地方志，探讨古代对鱼类鉴别所关注的主要特征和探寻人们对鱼类资源的认识拓展过程。通过分析，我们发现古人对鱼类的鉴别关注鱼类的体型、外观、口感、鲠的多寡、鱼鳞的大小等多方面，且人们关注的部分性状在遗传上具有一定的稳定性。石首鱼重在耳石记载的方式，说明人们对部分鱼类的稳定性遗传特征进行了仔细的观察。此外，古人好采用类比方法进行鱼类比较，同时也对部分鱼类的体型进行了归纳，如蛇形、团扇形、板身形等。明清两代的500多年时间里人们对福建省海域认识逐步拓展，鱼类记载的种类也逐渐增多，尤其闽南地区的鹦鹉鱼、蚝鱼、沙梭、文昌鱼、牛尾鱼等在地方志中的出现，反映出人们对福建省海域认识拓展的一个过程。本文第三章以屠本畯的生平及《闽中海错疏》的鱼类记载体例为立足点，深入分析屠氏的思想和其在《闽中海错疏》中采用的分类方法。继《八闽通志》之后，福建省又陆续出现了正德《福州府志》、万历《福州府志》、《闽大记》等地方志。明代末期，时任福建盐运同知的屠本畯将各种鱼类分门别类，最终形成《闽中海错疏》这一水产类专著。这部志书被认为是现存最早的水产动物志。因此，屠本畯编纂生物学著作，包括水产动物类和植物类，反映出他“好纠正”古人的思想，同时也体现其具有一定的创新性，能够将《闽中海错疏》的记载重点放在生物分类层面。通过对《闽中海错疏》的研读，笔者发现屠本畯虽然采用了“主似关系”、“同一类群”、“行为特征”、“身体颜色”等多种方法对鱼类进行分类。但是，仅有“主似关系”和“同一类群”这两种分类方法是最常用的，它们起源于雅学系统和地方志系统。后继的《闽书》和《海错百一录》也在一定程度上继承了屠本畯的分类方法。本文第四章以《闽中海错疏》中的鱼名为切入点探讨鱼类命名、名称演化和分类系统的互动。汉字的偏旁部首反映出了它们代表事物的属性，体现了汉字在生物分类方法中蕴含的意义，所以鱼字偏旁的汉字往往代表着其与鱼类相关。同种异名或者同名异种的现象在古代名物学中非常普遍，但当鱼名被载入史册时，却朝向名称统一的方向发展,并尽量遵循雅称。在含有“鱼”部首的单音字无法满足鱼类命名的时候，古人能够在原有的单音字前面加上修饰语，从而组成新的鱼类名称，或尽量采用俗名。这就导致了古籍中的鱼名有雅称、有俗称，也有雅俗兼并。同时，随着雅学系统和地方志系统记载的鱼类种类越来越多，一个鱼类名称所代表的鱼类品种也在随着时间的发展而发生变化。部分鱼类的名称几经演变，最终稳定。传统的鱼类分类系统也随着鱼类名称的演变而不断完善。本文第五章以民国时期引入西方科学体系的四种地方志为切入点，对其物产部分的鱼类分类体系进行分析。民国时期，福建省在鱼类学方面的学术研究取得巨大的进步，并于1935年完成了福建省沿海鱼类调查。地方志中的鱼类分类体系的分析结果显示传统体系和近代科学体系并存于地方志；受过一定新式教育的地方志编纂者能够将中学同等程度的科学知识引入地方志中，但又由于部分编纂者接触的西方生物分类学知识较为有限，从而导致鱼类分类方法还存在较多错误。总之，雅学书籍和福建省地方志中蕴含着丰富的鱼类学知识，并出现了鱼类分类方法的萌芽，但是分类方法并没有在当中得到发展，而是在水产专著——《闽中海错疏》——中得到了发展。地方志侧重国家资源的记载，它重点关注物种的区分，物种的鉴定方法也随之被发展起来。水产专著对鱼类的特征描述则是基本沿袭雅学和地方志两大系统。具有创新性的水产专著不可能完全抄袭于地方志，能够体现作者的思想，所以水产动物的分门别类思想在专著中得以体现和发展。尽管民国时期的地方志在引进西方分类体系时，时有错误发生，但是足以令人称道的是，深受传统文化熏陶的儒生能够自如地处理传统和科学两种不同的体系。