《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》实施以来，我国政府对于各项科研工作的投入不断增多，相关部门、单位对科学研究也越来越重视。高校作为国家科技创新的中坚力量，必须充分发挥其在科学研究方面得天独厚的优势，大力促进国家科教发展战略的实施。为此，教育部颁布了《关于进一步加强高校科研项目管理的意见》等多项文件，要求各高校努力加强科研项目的管理，积极探索科研项目的绩效审计。　　当前，高校与政府、企业及其他社会组织的联系不断增多，要想提高科研项目的绩效水平，科研人员不仅要对内部资源进行整合和规划，更要重视与其利益相关者之间的关系。在此环境下，对高校科研项目的绩效审计也应适合科研项目的发展需求，转变为对科研项目设立与实施的各个环节进行全过程跟踪，全面反映项目绩效水平的综合审计模式。基于此，研究引入绩效棱柱模型的核心思想探索适合我国高校实际的科研项目绩效审计模式。希望帮助高校管理者了解现行科研项目的绩效水平，寻找合理的解决方案提升科研绩效，最终提升高校的整体科研实力；也期望为高校科研资源的宏观分配及高等教育政策的制定做出贡献。　　本文的研究思路是：首先，对相关理论基础进行充分梳理和研究，并指明它们对高校科研项目绩效审计的指导作用；接着，总结绩效棱柱模型的核心理念，结合发达国家高校科研项目绩效审计的成功经验，对绩效棱柱模型应用于高校科研项目绩效审计的必要性和可行性进行分析。其次，通过问卷调查揭示我国现行高校科研项目绩效审计的现状、存在的问题以及问题存在的原因。再次，改进以往绩效审计评价体系的漏洞与不足，发挥绩效棱柱模型的特有优势构建出新型高校科研项目绩效审计评价体系，为审计人员对项目进行绩效评价提供参考标准。最后，通过高校承接的具体科研项目的案例分析来佐证构建的科研项目绩效审计评价体系的可行性，并针对我国现行高校科研项目绩效审计存在的问题，提出切实有用的解决对策。