近年来,我国对于生态环境的重视程度不断提升,为落实损害担责原则,改变“企业污染,政府买单”的环境治理困境,我国开始探索建立生态环境损害赔偿制度,生态环境损害赔偿磋商作为其中重要组成部分,为生态环境损害救济提供了全新的解决方案。在《生态环境损害赔偿制度改革方案》指导下,全国各地陆续出台了具体磋商办法,磋商制度以其高效便捷,在生态环境损害赔偿问题上得到广泛应用,但需要注意的是,当前我国磋商制度仍处于发展阶段,《改革方案》中对于磋商制度多是探索性规定,在实践中关于磋商的启动、运行等方面存在许多问题,相关立法不够完善,理论研究存在分歧,给磋商制度的发展与应用造成了影响。其中磋商制度属于何种法律性质,对于磋商制度的运行与完善起着关键作用,主流的民事行为说并不能很好实现逻辑自洽,这也是当今学界对于磋商制度研究的核心问题所在,本文在结合现有文献的基础上,对磋商制度进行整体性概述,通过分析磋商制度在我国的实施现状,发现我国磋商制度目前存在启动条件不明晰、运行流程不规范、制度衔接缺失、社会参与度不够等问题,结合学界现有的理论争议,剖析磋商制度的理论基础及界定标准,认定磋商的法律性质属于协商行政,在此基础之上,对磋商制度提出了一系列完善之策。