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2013年5月-9月、2014年4月-9月,运用样线法和样方法相结合的方式对青海三江源国家级自然保护区麦秀、中铁-军工、玛可河、扎陵湖-鄂陵湖、江西、昂赛等6个保护分区内的鸟类进行了调查研究。并运用多样性指数、均匀度指数等公式,对其鸟类物种组成进行了调查研究和比较分析。调查记录到6个保护分区鸟类共153种,隶属于15目44科。其中,麦秀保护分区58种,隶属于7目26科；中铁-军工保护分区84种,隶属于13目28科；玛可河保护分区73种,隶属于12目30科；扎陵湖-鄂陵湖保护分区28种,隶属于9目18科；江西保护分区64种,隶属于12目28科；昂赛保护分区39种,隶属于7目17科。鸟类群落多样性指数依次为：3.6417、3.1670、3.7183、2.2948、3.5920、3.1261；均匀度指数依次为：0.8969、0.7110、0.8667、0.6887、0.8605、0.8474；优势度指数依次为：0.0361、0.0948、0.0349、0.1424、0.0449、0.0583。研究结果表明：(1)6个保护分区的春夏季鸟类群落结构均以雀形目鸟类占优势,繁殖鸟(留鸟和夏候鸟)占优势,古北界鸟类和广布种明显多于东洋界种类。(2)保护分区内生态类群均以鸣禽占优势。(3)鸟类群落多样性指数由高到低依次为：玛可河>麦秀>江西>中铁-军工>昂赛>扎陵湖-鄂陵湖；均匀度指数由高到低依次为：麦秀>玛可河>江西>昂赛>中铁-军工>扎陵湖-鄂陵湖；优势度指数由高到低依次为：扎陵湖-鄂陵湖>中铁-军工>昂赛>江西>麦秀>玛可河。(4)江西保护分区和玛可河保护分区的鸟类群落相似性系数最高(0.5401),其次是麦秀保护分区和玛可河保护分区(0.534),扎陵湖-鄂陵湖保护分区和麦秀保护分区的鸟类群落相似性系数最低(0.186)。(5)调查发现3种青海省鸟类新纪录,9种三江源鸟类新纪录。(6)基于以上研究,对6个保护分区的鸟类多样性、区系、鸟类分布干扰因素等进行了分析,并提出了相应保护建议。