1996中国农业科学院哈尔滨兽医研究所禽流感研究中心从新疆石河子地区鸡群中分离到一株H14N5亚型禽流感病毒，命名为A/Chicken/Xinjiang/1/96（H14N5）（CXJ1/96），到目前为止该亚型仅报道有三个毒株，另外两株分离地点在西亚的阿塞拜疆地区，其它地区尚未见报道。为阐明两地流感毒株的关系及新疆分离株与国内外其它毒株的遗传演化关系，本研究开展了CXJ1/96的全基因核苷酸序列测定和系统进化树绘制工作。 本研究采用SPF鸡胚增殖CXJ1/96病毒，分别从鸡胚尿囊液和鸡胚绒毛尿囊膜提取病毒基因组RNA和mRNA，参考Genebank中已发表的相应基因核苷酸序列设计并合成了10对特异性引物，用逆转录—聚合酶链式反应（RT-PCR）技术分别扩增CXJ1/96的10个基因片段的cDNA，PCR产物经分离纯化后克隆到pUC119或pMD18-T质粒中，重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。序列测定正确后，运用计算机序列分析软件与国内几个分离株进行核苷酸和氨基酸序列比较分析和遗传进化分析。 不同重组质粒的测序结果表明：扩增的10个基因片段均含有相应病毒基因的完整开放阅读框架，包括一部分5’端和3’端的非编码区。 与国内现在已知的7株禽流感病毒的内部基因进行同源性比较，发现CXJ1/96 NS基因与其它几株流感病毒分离株的核苷酸序列同源性差异较大，与CFJ19/00株和CK1/94株的同源性分别为92.3％和93.5％，推导的氨基酸序列同源性为89.1％和91.3％，与另外几个毒株的核苷酸序列同源性均不超过73％，氨基酸同源性不到69％，说明这几个毒株分别属于不同的NS基因群系。 NP基因与另外7株流感病毒分离株的同源性很高，核苷酸序列同源性在93.6％-95.3％之间，氨基酸序列的同源性在96.6％-99.0％之间；M基因的核苷酸序列同源性在93.6％-96.2％不等，氨基酸序列同源性在93.1％-96.6％之间。 PA基因的核苷酸序列同源性在90.5％-94.6％之间，氨基酸序列同源性则在95.5％-97.3％之间。PB1基因的核苷酸序列的同源性在93.3％-95.8％之间，推导的氨基酸序列同源性为97.3％-98.8％不等。PB2基因的核苷酸序列同源性在87.4％-94.0％，氨基酸序列同源性为96.5％-98.6％不等。 东北农业大学 硕土学位论文 2000年 11月 CXJI／96株的 HA基因与阿塞拜疆分离株的核昔酸同源性分别为 98尸％和 99．3％，氨基酸仅有8个和9个氨基酸的差异。 与在Genebank读取的唯—一株NS亚型NA序列进行比较，发现它们之间的核昔酸同源性仅为 87％，氨基酸的同源性为 93．4％，另外在基因的 226位有 12个核谷酸的插入，导致两个氨基酸的移码突变和 4个氨基酸的插入，使得在 NA蛋白分子的茎部区增加了 4个氨基酸，另46位氨基酸的突变导致一个糖基化位点的丢失。 为阐明我国禽流感与香港流感的进化关系，从Genebank中读取97年及以后香港禽（人）流感毒株序列和其它相关毒株序列，运用DNAstar进行遗传演化分析，CXJI／96分离株与CKI／94、CFJ19／00和香港禽流感分离株同属于一个NS基因群系，它们之间有一定的遗传距离；CXJI／96分离株PBI基因与香港禽流感遗传关系比较密切，但在香港本地区该基因遗传演化速度较快，而香港人流感与GGDI／96病毒同位于另外一个大的演化分支；从PA基因来看，CXJI／96分离株和其它毒株之间呈相对独立的并行演化趋势；国内其它分离株与香港禽流感毒株M和阳 基因遗传关系密切，在进化树中呈交错状排列；CXJI／96分离株＊P基因与其它毒株呈相对独立并行演化的趋势，但遗传距离很近：这充分说明我国禽流感分布复杂，不同地区毒株基因之间交换频繁，与香港地区毒株有着某种程度上的基因互换的可能。