论文部分内容阅读
目的：1、了解1999-2011年浙江省麻疹病毒流行株在各个基因及其全基因层面上的核苷酸、氨基酸、糖基化位点等的变异情况和进化规律，并探讨近十年浙江省流行株与疫苗株、其他基因型毒株之间的差异。2、推算麻疹病毒H基因组流行株N基因和H基因的进化速率和进化分歧时间，从而探讨麻疹病毒H基因组的进化特征和进化规律。方法：选择浙江省1999-2011年间分离的9株麻疹病毒流行株，用Vero/slam细胞进行病毒增殖，实时荧光定量RT-PCR进行病毒鉴定，RT-PCR进行病毒全基因序列扩增，用多种生物软件对获得的序列进行分析，同时与以S191为主的疫苗株、国外其他基因型流行株(D4、B3基因型)进行全基因层面的比较分析，最后利用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子钟方法对不同来源、不同年代分离的麻疹H基因组毒株的N基因和H基因序列进行系统发育学分析，计算麻疹H基因组可能的起源时间与分歧时间。结果：1、9株浙江省麻疹流行株的全基因组序列长度均为15894个核苷酸。与疫苗株S191相比，核苷酸差异数为595~669个，氨基酸位点差异数为135~139个。核苷酸和氨基酸的变异趋势不同，前者N基因变异程度最大(5.5%)，后者P基因的变异程度最大(7.7%)。2、浙江省麻疹流行株N、H和F三个基因的细胞表位区分别存在14个、6个、7个氨基酸位点的改变，其他基因也有不同数量的氨基酸变异，某些氨基酸位点存在回复突变，熵值也较高，但是各位点的Ka/Ks均小1。3、浙江省麻疹流行株共5个糖基化位点改变，P基因和L基因上各增加了一个糖基化位点，在F基因和H基因上均减少了一个糖基化位点，L基因1712位糖基化位点在1999~2012年间不稳定。4、近十年浙江省麻疹流行株均属于H基因组，H1基因型。除99-2流行株为H1b基因亚型外，其余年份的流行株均为H1a基因亚型，且流行株之间没有明显的时间和地域分布差异。5、在全基因组层面上，浙江省流行株与世界各地疫苗株的遗传距离大于B3基因型流行株与世界各地疫苗株的遗传距离(t=-12.39，P<0.05)，同时也大于D4基因型流行株与世界各地疫苗株的遗传距离(t=-9.76，P<0.05)。6、麻疹病毒N基因的核苷酸平均碱基替代率为8.802×10-4替代/位点/年(95%HPD:5.688×10-4~1.184×10-3)，推算麻疹A基因组和H基因组的最近共同祖先出现在1945年(95%HPD:1920~1954)，H基因组的分化时间点为1977年(95%HPD:1954~1987)，H1基因型的分化时间点为1986年(95%HPD:1980~1990)。H基因的核苷酸平均碱基替代率为6.349×10-4替代/位点/年(95%HPD:4.397×10-4~8.214×10-4)，推算麻疹A基因组和H基因组的最近共同祖先出现在1938年(95%HPD:1908~1954)，H基因组的分化时间点为1973年(95%HPD:1959~1985)，H1基因型的分化时间点为1982年(95%HPD:1973~1988)。结论：浙江省麻疹流行株属于H1基因型，与疫苗株S191在各个基因上均产生了较大的变异。H1基因型流行株与现行疫苗株之间的差异超过了国外优势流行株(D4、B3基因型)与疫苗株之间的差异。两者分别属于的H基因组和A基因组的最近共同祖先出现在20世纪初到20世纪中叶，H基因组在1975年左右开始分化，约10年后H1基因型也出现了分化。我国应密切注意这些变异趋势，在加强麻疹病毒分子流行病学及进化方向研究的同时，及早研究后备麻疹免疫毒株。