农村合作医疗作为我国农村医疗保障制度的主体，直接关系到广大农民的身体健康，关系到农村经济发展和社会的稳定。从2003年起，我国开始大力推广新型农村合作医疗制度，并在农村全面建设以新型农村合作医疗制度为主体的基本医疗保障制度。　　 云南省是国家启动的第一批四个新型农村合作医疗试点省份之一，六年来，在新型农村合作医疗实施的各个方面进行了大量探索，取得了很多成果，积累了丰富经验，为新型农村合作医疗制度在全国全面推广做出了一定贡献。但是，由于受到历史起点低、基础条件差等客观因素的制约，目前云南省的新型农村合作医疗制度运行过程中仍然存在一些问题，一定程度上影响了制度的实施效果与推广进程。　　 本文从农村合作医疗制度的理论分析入手，通过对国内外医疗保障制度的对比分析，得出国外医疗保障制度值得借鉴的经验。在此基础上，对云南省新型农村合作医疗制度的基本情况和现状进行描述，指出目前制度运行过程中存在推广合作医疗的基础条件差、政府作用发挥的不充分、资金筹集的困难大、制度设计缺陷、医疗监管难度大等问题。并对富有代表性的昆明市盘龙区松华乡小河村的新型农村合作医疗制度运行状况进行了实证分析。最后从强化政府主导作用、创新制度设计、加强法制建设、构建医疗服务体系、完善管理和监督等方面提出云南省新型农村合作医疗建设的政策建议，以期对云南省乃至全国新型农村合作医疗制度的进一步发展提供一定的理论参考。