重大创新项目从微观层面来说关乎企业长远发展，从宏观层面来说关乎产业及国家竞争力的重大技术攻关能力的发展，因此重大创新项目能否取得成功具有举足轻重的战略意义。由于重大创新项目管理的复杂性以及完成该项目一定要涉及到多方合作，使得重大创新项目面临着比传统项目更多的风险与不确定性，所以对重大创新项目的风险研究显得十分必要。由此，本文展开了对重大创新项目的风险治理研究。　　 本文首先给出了重大创新项目的定义，以及风险治理的涵义。接着，对重大创新项目的风险进行识别分析。然后，在此基础上，对这些风险因素进行评估分析。在对重大创新项目进行风险识别与评估时，利用调查问卷的结果进行了统计分析，识别出了影响重大创新项目的风险因素，利用ISM模型分析了影响重大创新项目不成功的风险因素（主要体现在新技术的出现淘汰现有技术、政府政策的支持力度、合作方选择失误、知识产权保护不完善），并选取部分风险因素进行了相关性分析。之后，针对重大创新项目可能面临的风险因素，建立了重大创新项目的风险预警指标体系以及预警模型，这个预警模型包含了风险预警的一些基本功能（风险监测、风险识别与分析、风险评估、风险预警、风险应对与控制措施等），同时也简要地介绍了模型的运行方式，在预警模型中还介绍了重大创新项目风险状态。最后针对重大创新项目的风险因素，提出了相对应的风险防范、应对与控制措施。最后，本文选择武汉烽火通信科技有限公司牵头进行的一个重大创新项目进行案例分析，深入分析了烽火通信牵头的重大创新项目在实施时所面临的风险因素，并对这些风险因素给出了相应的、实际可行的风险对策。之后，针对烽火通信现有的风险防范体系，提出了几点具体的风险治理措施，包括内部监督控制；激励约束机制；与供应商、合作方建立完善的契约制度；建立信息交流与沟通平台。最后对这个重大创新项目进行总结性的案例评析。