光绪初年清政府重新统一新疆后,决定改变军府制度,推行包含改建行省、设置道厅州县、更定官制等一系列政治体制改革。在首任巡抚刘锦棠经营时期,新疆的行政管理体系初具规模,后来随着地方生产生活的恢复和发展以及新政实施,在巡抚饶应祺、潘效苏时期又进行了建置调整等政治建设工作。清代新疆省政治建设方面的举措,主要有如下三个方面：其一,创设了新疆各路的行政建置,初步确立了新疆的行政体系；此后随着“人稠地辟,政务殷繁”,又调整州县设置解决了部分地区辖境过宽以及行政真空等问题。其二,通过选任各级行政官员,包括委任甘肃新疆巡抚与布政使,并确立基层官员委署办法与章程,解决了选官难、留任难的问题；此外,加强对官员的考察与培训,进而巩固了新疆的管理体系,为清政府治新政策的推行奠定了基础。其三,通过制定官员管理规定以及加大对违法官员的惩治力度,达到了整饬吏治的作用,新政期间的吏治整顿也为新疆近代化建设提供了必要的条件。总之,新疆建省后以巡抚为主导积极开展政治方面的建设,完善了自上而下的管理体系与制度,取得了显著成效,为经济与社会的恢复和发展奠定了基础,使饱经战乱后的新疆走上了二十八年稳定发展的道路。