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随着科学技术的发展和全球经济结构转变的加快，自主创新在发展中国家的地位越来越重要。制造业作为我国经济建设的支柱产业，也是我国自主创新战略的主要推进的行业，关注制造业企业的创新进程，有助于从根本上提高制造业企业的自主创新能力，发挥其对我国经济建设的重要作用。本文正是在这样的背景下，综合分析了国内外学者关于创新投入的研究，从企业合法性角度解释不同所有制类型和企业规模对自主创新投入的影响。本文选择地区市场化程度和地区反腐力度作为调节变量，试图从这两个方面，解释不同地区企业自主创新投入的差异。从实践上看，本研究有利于政府根据地区不同市场特点，制定合理的政策法规，进一步推动地方企业进行自主创新活动，深化国家自主创新战略。 本文探讨在不同市场化程度、不同反腐力度的地区，企业合法性压力对其自主创新投入的影响。通过Wind数据库，选取了2016年沪深两市主板制造业A股上市公司的数据，一共1931个样本，17379个观测值。通过实证分析来验证本文的相关假设，研究发现: 第一，在自主创新战略的指导下，企业感知的合法性压力对企业自主创新投入的影响比较明显。本研究表明，企业所有制类型与自主创新投入是显著相关的，且民营企业相较国有企业在自主创新方面投入要更多。企业规模与自主创新投入是显著相关的，规模越小的企业，其自主创新投入的强度要强于规模大的企业。 第二，市场化程度对在所有制类型、企业规模与自主创新投入之间具有调节作用。市场化程度越高的地区，所有制类型、企业规模对自主创新投入关系越弱。 第三，地区反腐力度对在所有制类型、企业规模与自主创新投入之间具有调节作用。反腐力度较高的地区，企业规模对企业自主创新投入关系越弱。 基于以上研究结论，本文提出了关于本研究的相关理论和实践意义，丰富企业自主创新投入的理论研究，并且为政府制定政策和企业提高自主创新能力提供实际的指导和借鉴。