主体功能区规划是国家十一五提出的重大举措,我国区域发展不平衡、资源环境的浪费、贫富差距的拉大都说明经济发展的模式到了需要做出重大调整的时候。主体功能区规划方案中提出的优化开发区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区正是对区域发展模式改变的重要解决方法。如何科学合理将行政区域划分成上述四大区域就成了主体功能区规划方案实施的重中之重。本文是在全国主体功能区划规划重大课题研究的基础上,在完整的理论与方法体系研究下,基于粒子群算法,设计一套科学完整的指标评价体系,构建一套对主体功能区进行区域划分的的模型,目的在于完善整体的主体功能区区域划分的理论体系。粒子群算法是先进的群智能算法中的一种,基于这种算法构建有针对性的模型,应用于主体功能区区域划分上还是前所未有的应用研究。其中,模型参数的调整、模型有效性的验证、指标项的选取、指标项数据的处理、划分结果的分析与评价都作了详细研究,得到了较为有借鉴意义的实验结果。算法模型还需要不断地完善与改进,本文所作出的研究成果也为智能算法在主体功能区规划上的应用研究打开了一条新的思路。