本文以应能负税原则为主要讨论对象,试图对为何不同经济组织适用不同所得税制的问题展开探讨。传统企业所得税制对公司制企业和非公司制企业采用不同的课税模式,即有双重课税模式和单一课税模式之分,但其对该体制分立的基础——应能负税原则——尚缺乏准确的理解,即对负税能力的归属问题没有很好解决。本文借鉴美国公司所得税制,特别是其对S公司、有限责任公司和开放式合伙等有别于一般公司制度的经济组织形式,灵活适用所得税制的做法,得出结论认为:对不同组织形式的企业,不能仅依据其民事法律地位的独立性设置相应所得税制,还应承认不同企业与其投资者之间亲疏远近的关系,以此为基础确立企业的负税能力,采用不同的所得税课税模式。具体而言,企业是否具备独立的负税能力,即所得如何归属于特定的企业,可以通过企业投资人与控制人关系的亲疏远近来判断:关系远则所得不可归属于企业,因而企业不具备独立负税能力;反之则具备。由此对应能负税原则判断前提条件(负税能力的归属)是否满足给予合理解答,从而适用应能负税原则考察不同企业所得课税模式才是合理的。本文的研究完善了传统应能负税原则中企业负税能力的归属问题,从而为应能负税原则更好地指导企业所得税制的选择做出了贡献。此外,以借鉴英美法系经济组织所得税制的实践为主要思路,提出企业课税的相对独立性理论,该研究思路也突破了借鉴国际经验时只学制度、不理解其精神的不足,兼收并蓄,在促进我国税法理论及税收实践的现代化方面践行了更科学的研究进路。