论文部分内容阅读
针刺效应是指通过毫针或电针等针刺疗法刺激穴位,直接或间接引起机体的生物过程、基因及基因产物等变化,进而调节人体或实验动物的生理功能或病理状态,使失调或紊乱的功能恢复正常。随着现代科学技术和实验方法引入针灸学,针灸相关的基本理论、作用规律和作用原理研究逐步开展,针灸效应机制研究逐渐成为针灸现代研究的重要组成部分。针灸效应机制研究过程中,形成的大量针灸效应知识大多被记录在针灸效应相关文献中。为了指导针灸临床和科研工作者规范化、科学化地运用针灸理论与技术,本研究以针刺效应文献为数据基础,借助本体的方法与技术,构建了针刺效应领域知识语义模型,包括穴位、针刺疗法、针刺手法、生物过程、基因及基因产物、失调、解剖结构七个方面的内容,共构建199个类,12个对象属性,1108个实例,5123条公理,建立起具有针灸学特色的语义网络,基本上实现了针刺效应知识的结构化表达。1目的为了将针刺效应知识从自然语言转换成计算机语言,本研究在系统整理针刺效应文献的基础上,从针刺效应机制研究现状出发,结合导师团队正在研制的国际标准“ISO/AWI TS 16843-6 Health Informatics-Categorial structures for representation of acupuncture-Part 6:Acupuncture effect(针刺效应语义范畴结构)”,基于本体的理论与方法,探索适合针刺效应的知识组织方法。本研究一方面将多源异构的针刺效应知识进行整合,提供一种结构化术语集和共享词表,为相关领域知识的共享与重用奠定基础;另一方面通过探索针刺效应的知识表示方法,从而为用户提供更加直观且可靠的数据,满足针灸临床和科研工作者对针刺效应知识的应用需求。2研究内容与方法2.1针刺效应知识源及研究范围本部分首先对近10年的针刺效应文献展开调研,根据纳入排除标准确定知识来源及研究范围,然后对非结构化及半结构化文本数据的结构特征进行分析,得出基于针刺效应文献的知识抽取规则,通过针刺数据加工平台对文本数据中包含的针刺效应概念及概念间的关系进行抽取,最后收集并确定针刺效应本体的相关术语集合作为概念规范来源。2.2针刺效应本体构建及验证本部分在广泛了解中医药学领域本体构建相关文献的基础之上,确定七步法作为针刺效应本体的构建方法,Protégé 5.5.0作为本体编辑工具。遵循七步法确定针刺效应本体的构建过程:确定本体的专业领域及范畴;列出本体有关的重要术语;复用已有本体的可能性;定义类及其层级结构;定义类的属性;定义属性的取值范围;创建实例。本体构建成功后,通过Protégé5.5.0自带的推理机对针刺效应本体进行逻辑一致性验证,并通过文献抽样对该本体的框架结构的通用性进行验证。2.3针刺效应本体的应用探索本部分在针刺效应本体构建完成的基础上,在穴位刺激效应可视化平台中进行了应用探索,一方面体现在优化了平台中针刺效应概念分类,在原有分类的基础上进行重新组织,形成新的针刺效应概念类型,另一方面体现在使平台中的概念更规范化。3结果3.1 明确了针刺效应知识源,梳理领域概念本部分通过文献调研,共计纳入6043篇针刺效应文献作为知识源及研究范围,其中包括针刺相关的临床机制文献1824篇、动物实验文献4219篇;重新梳理了针刺效应相关的7个核心概念、4431个相关重要粗术语及其之间的关系,核心概念包括:穴位、针刺疗法、针刺手法、解剖结构、失调、生物过程、基因及基因产物;针刺效应粗术语组成:针刺疗法119个,针刺手法379个,穴位1224个,疾病492个,疾病模型435个,证候96个,基因及基因产物1188个,证候模型13个,解剖结构435个,生物过程158个。针刺效应本体的规范术语来源为医学主题词表(Medical Subject Headings,MeSH)、中国中医药学主题词表(Traditional Chinese Medical Subject Headings,TCMeSH)、国际疾病分类第 1 1 次修订本(The 11th revised version of International ClassificationofDiseases,ICD-11)、《人类动物疾病模型》(人民卫生出版社,2014)[1]、基因本体(Gene Ontology,GO)等。3.2构建针刺效应本体并进行验证本节结合“ISO/AWI TS 16843-6 Health Informatics-Categorial structures for representation of acupuncture-Part 6:Acupuncture effect”,运用七步法对针刺效应知识进行结构化表达,确定本体的专业领域和范畴为针刺临床机制文献1824篇、动物实验文献4219篇,梳理针刺效应相关的7个核心概念:穴位、针刺疗法、针刺手法、解剖结构、失调、生物过程、基因及基因产物;对象属性包括:“has part”“applied to”“located in”“regulates”“negatively regulates”“positively regulates”等;复用基本形式化本体,并结合其他领域本体或术语集对其层级结构进行构建。本研究运用Protégé 5.5.0对针刺效应本体进行编辑,总共构建199个类,12个对象属性,1108个实例和5123条公理(类公理、对象属性公理、注释公理等),基本实现了针刺效应知识的整合和结构化表达,系统地表示了针刺效应相关知识。本研究采用Protégé5.5.0版本中自带的HermiT 1.4.3.456推理机,结果显示针刺效应本体所构建的类及关系无逻辑性错误。文献验证通过在穴位刺激效应可视化平台中随机抽取的121篇针刺效应文献进行了人机协同标注,形成了 3124个实体,通过查重,得到620个实体,根据相关标准对去重后的实体进行规范化处理,形成300条规范术语,其中有292条在针刺效应本体中已涵盖,适用率达97.33%。3.3在穴位刺激效应可视化平台中进行应用探索本节在针刺效应本体构建完成的基础上,在穴位刺激效应可视化平台进行了应用,体现在优化概念分类及概念规范化两个方面。优化概念分类:穴位、针刺疗法、针刺手法保持不变;组织器官扩展为解剖结构;疾病(动物)重新归纳为疾病模型,区别于人体疾病;组织细胞水平、分子水平、微观机能、功能评分、其他水平重新分为生物过程、基因及基因产物。概念规范化:通过本体对针刺效应知识进行整合和重构,为穴位刺激效应可视化平台的概念规范提供参考,例如电针规范为电针+疗法,毫针规范为毫针+疗法;动物疾病高血压规范为高血压+模型;细胞组织水平的细胞凋亡归为生物过程。4结论本体技术可以实现针刺效应领域知识整合及知识表示,针刺效应知识的本体化有利于信息加工、重用与共享;针刺效应知识的可视化在一定程度上可以展示针刺疗法、穴位与针刺效应之间的关联关系,厘清针刺效应领域知识组织体系,为新知识的发现提供帮助;针刺效应本体可为针刺效应概念的分类及概念的规范化处理提供参考,为针刺临床和科研人员提供更增加直观的针刺效应知识以供利用。