城市轨道交通的固有属性决定了城市轨道交通需要政府进行补贴,其中,在轨道交通的建设及运营前期所需要的补贴数额较大。城市轨道交通的财政补贴机制在短期、中期、长期的侧重点各不相同,本文着重研究在长期中政府应如何对城市轨道交通进行补贴。通过引入资本资产定价模型,并且充分考虑资本的时间价值及投资方式的多样性,提出了政府主导的城市轨道交通财政补贴机制。具体研究路线为：首先,确定城市轨道交通项目的预期收益(以项目的年均资本回报率表示),其次,确定该项目的加权资本成本(包括不同投资方式的项目本金、利率及其它成本),然后,考虑资金的机会成本,确定城市轨道交通的未来净现金流,最后,结合城市轨道交通项目收益和成本的现在,计算需要对轨道交通企业进行的补贴。将该财政补贴机制实际应用于北京市轨道交通,可以大致给出每条轨道交通线路的补贴额度,但由于北京市不同的轨道交通线路投资方式不同,因此不同线路的测算方法亦不相同。