随着城镇化进程的深入发展以及人口的增加和人民生活水平提高,我国粮食的供需长期处于紧张的平衡状态,粮食安全的基础比较薄弱。粮食是国家发展的战略性资源,种业是保障粮食安全的关键,发展种业对于保障国家粮食安全具有重要意义。然而我国种业进入市场化的时间较短,传统育种模式存在着许多问题,不能满足现代种业发展的需求,为了促进中国现代种业的发展,2011年,《全国现代农作物种业发展规划(2012-2020年)》中明确提出构建商业化育种体系,开展以企业为主体,以市场为导向,利益共享、风险共担的种业科企合作。由于种业科企合作双方利益诉求和自身优势等方面的差异,在跨主体合作的模式下,在合作过程中种子企业和科研院所之间要素的冲突和断层现象严重。如何实现双方资金、人才、资源等要素的有机整合,提高科企合作的效率?对中国现代种业的发展和保护粮食安全具有重要的意义。本文在集成创新理论和协同创新理论的基础上,对不同种业科企合作主体的要素构成及特点、传统育种合作与科企合作要素流动的差异以及种业科企合作要素整合的动因进行理论分析,通过理论分析提出了种业科企合作要素整合的内涵和机理;通过实地调研,总结四川省目前存在的种业科企合作模式,结合要素整合的机理,对其进行要素整合的比较分析。在此基础上,运用因子分析法,对种业科企合作要素整合进行实证分析,得出以下结论:(1)目前四川省种业科企合作模式有5种:购买新品种权、协议约定任务、委托开发、共建研发团队和共建创新平台。这五种合作模式中,购买新品种权模式不存在要素整合,其余四种模式在进行要素整合过程中其特点不尽相同,表现在整合的时间跨度、整合的内容宽度及其中所涉及的权责;(2)在种业科企合作中,要素在主体之间流动性不强,没有建立完善的育种要素流动机制;(3)在种业科企合作要素整合过程中,要素机制包括利益分配、知识产权归属问题是很重要的问题,对要素整合的影响较大。然而在实际合作中形成知识产权的归属比较难,是导致科企合作破裂的主要原因。(4)在整合中,专业化分工程度低,没有很好地根据双方的要素优势进行工作任务安排,岗位不明确;(5)政府在促进种业科企合作方面的政策比较空洞,促进种业科企合作要素整合的配套措施、资金支持以及法律法规不健全。综上,提出如下对策建议:政府角度:(1)制定政策优惠和扶持的标准(2)建立科企合作风险救济机制;(3)完善相关配套措施。种业科企合作主体角度:(1)要素资源有偿共享,建立育种要素流动机制;(2)完善激励机制、提高人员积极性;(3)加强专业化分工,提高整合效率。