2022年2月22日中央一号文件《中共中央国务院关于做好2022年全面推进乡村振兴重点工作的意见》中明确指出:“支持家庭农场、农民合作社、农业产业化龙头企业多种粮、种好粮”,这是21世纪初至今第19个指引“三农”工作的中央一号文件,在之前发布的中央一号文件中国家也多次提到关于合作社发展的问题。加强农民专业合作社的管理,是保障其规范有序发展的基本条件,而税收管理又是农民专业合作社管理的一个重心,是规范税收征收和缴纳行为、保障国家税收收入的重要途径。农民专业合作社已逐渐成为加快农业发展、促进农村稳定和提高农民增收的重要组织载体。研究农民专业合作社税收管理问题,对做好“三农”工作、接续全面推进乡村振兴,确保农业稳产增产、农民稳步增收和农村稳定安宁都具有重要的现实意义。本文以连平县为例,通过采用文献研究法、调研访谈法、个案研究法、定量与定性分析法等方法,基于税收遵从理论和信息不对称理论,从国家政策、税务机关及农民专业合作社三个层面,分析了连平县当前税收管理中存在的问题,并针对性地提出了合理科学的完善建议,对连平县农民专业合作社健康有序发展,为税务机关做好农民专业合作社的税收管理工作都具有很大的意义。研究发现连平县农民专业合作社税收管理存在问题,具体表现在以下三个方面:相关法律法规不健全、税务机关征管质效不高、农民专业合作社纳税主体特殊导致税收管理困难。笔者分析了农民专业合作社税收管理存在的问题成因,主要有三个大的方面,分别是税收优惠政策体系不完善、政策执行有盲点;税务机关思想认识、税收征管、宣传服务均不到位,人力资源配置欠缺;农民专业合作社设立不规范、会计核算不健全、纳税意识淡薄、税收遵从度低。针对上述情况,笔者从国家政策、税务机关及农民专业合作社三个层面提出了一系列合理化建议,即完善税收优惠政策、增强税收政策执行的现实性;提高思想认识、加强税收日常征管、深化纳税服务、加强队伍建设;加强农民专业合作社内部管理、健全会计核算、提高纳税意识、提高税收遵从度。