集装箱码头是集装箱海运与其他运输方式的连接点，而堆区作为码头上集装箱的集散地，其集装箱通过能力直接影响着整个码头的作业效率。基于新型集装箱码头装卸系统的特点，首先，本文针对堆区作为连接码头海陆两侧物流通道的独特性，使用堆区内装卸船集装箱作业的设备占用时间来代替堆区内的作业负荷，运用滚动时间界限法，建立了以堆区内集装箱作业设备占用时间均衡为优化目标的堆区动态分配模型，设计启发式算法对其进行求解,进一步引入堆区分配概率，对原算法进行改进。运算结果显示采用设备占用时间来代替堆区作业负荷量更合理，并且改进算法有效提高了问题的求解效率。其次，针对新型码头上集装箱水平运转的特点，添加集装箱进出堆区通道数量约束，建立通道受限情况下的堆区分配模型，并设计启发式算法对问题进行求解。进一步用禁忌搜索算法来确定堆区通道数量分配。运算结果显示考虑通道分配禁忌搜索的算法能有效提高问题的求解效率。本研究为新型集装箱码头堆场的高效运作提供了一定的理论支持，同时也为通道数量受限情况下的堆区分配问题提供了参考，进一步推广可为多巷道立体仓库仓储的作业优化分配提供借鉴。