近年来地区发展差异问题已经得到了越来越多的关注。本文借鉴了分析地区经济和社会发展差异常用的研究方法和指标来对区域高等教育投入与产出要素的差异进行分析。首先,本研究对有关区域高等教育差异方面的文献综述进行了梳理,对本研究的理论基础——非均衡理论和集聚优势理论进行了说明,并对有关概念进行了界定。其次,在构建高等教育投入与产出要素的指标体系的基础上,利用差异分析的方法,对2007年我国直辖市、发达地区、中等发达地区和欠发达地区高等教育投入与产出要素的差异状况进行了描述统计与分析。再次,从长三角和京津冀的视角,研究2007年这两大重点区域高等教育投入与产出要素方面的差异状况。最后,在研究的基础上提出了本文的结论,并就如何缩小区域高等教育投入与产出要素方面的差异提出建议。