城市是资源积聚、经济发展和创新创造的重要平台和载体,也是现代社会经济发展的主阵地和增长极。城市的R&D投入和通过转化形成的产出是一座城市基于自身产业、区位因素形成的自主创新和科研实力的基础。科技研发资源的投入强度和配置效率体现城市投入、整合与运用R&D资源的能力,既能高效推进城市创新研发体系和制度的建立,从长远角度来看也能在一定程度上反映该城市科技创新发展水平的强弱。在我国,企业、高校和科研院所是R&D的主要承担机构,但受限于经济发展水平和产业链位置,大多数城市R&D投入产出存在不足,一方面需要提高R&D投入水平,另一方面也要通过更加合理高效的手段利用有限的资源,在人力财力所限的情况下,尽可能提高R&D产出。综上,研究城市R&D投入和产出对城市创新体系建设、经济社会发展都具有极大的现实意义。本研究基于比较分析的视角,集中探讨分析了我国中部六大省会城市的R&D投入产出影响因素。研究结果表明:(1)、从R&D投入产出特征来看,中部六大省会城市在R&D投入产出方面明显分为两大梯队,武汉、合肥、长沙三市R&D投入结构类似,R&D发展水平较高,郑州、太原和南昌三市R&D投入结构类似,但郑州在R&D产出特征上,与武汉、合肥和长沙更为接近;(2)、武汉和合肥两省会城市R&D综合产出能力最高,长沙、郑州次之,太原和南昌靠后。武汉由于R&D的转化效应对R&D的负面贡献,一定程度降低了投入规模效应带来的正面成效;太原和南昌两市R&D综合产出能力靠后的主要原因在于R&D的规模效应偏低。(3)、实证回归分析结果显示,无论在逐步法还是后退法下,国家级企业技术中心数量都是显著变量,其他变量显著性视回归方法而定,如人均GDP、孵化器面积在逐步回归模型中对R&D产出产生正面影响,研发支出比GDP则对R&D产出产生潜在的负面影响,不同模型产生不同结果可能是因为规模和强度变量内部存在一定的关联关系导致的,但大中型企业对研发产出的贡献是无可置疑的。