毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、十二指肠贾第虫(Giardia duodenalis)、芽囊原虫(Blastocystis)和隐孢子虫(Cryptosporidum spp.)都是常见的机会致病性人兽共患寄生虫。已有大量的研究表明这四种肠道原虫可感染的宿主种类繁多,它们可以寄生在人和大多数的家畜以及野生动物体内并定植于肠道上,感染后往往引起胃肠道疾病,可致宿主自限性腹泻、体重减轻,严重者可导致死亡。可见人畜共患的原虫给公共卫生事业和畜牧业带来较大的影响和危害,因此了解并掌握这些原虫在牲畜的流行情况是十分重要的。然而目前还无在滩羊这一中国宁夏地区特有的品种上针对这四种肠道原虫进行过感染情况及基因分型的调查研究。本研究旨在对宁夏地区滩羊四种肠道原虫进行流行情况及基因分型进行调查研究,可对滩羊肠道原虫感染防控提供有价值的流行病学依据。本研究在宁夏地区6个羊场共采集了1014份粪便样品,其中毕氏肠微孢子虫针对转录间隔区(ITS)运用巢式PCR扩增并结合DNA测序,再对ITS位点阳性样品基于MS1、MS3、MS4和MS7三个微卫星位点和一个小卫星位点进行多位点基因分型;十二指肠贾第虫针对三个基因位点:β-贾第素(bg)、谷氨酸脱氢酶(gdh)和磷酸丙糖异构酶(tpi)进行了巢式PCR扩增,并基于以上三个位点进行多位点基因分型;芽囊原虫针对小亚基核糖体SSU rRNA进行PCR扩增;隐孢子虫采用巢式PCR针对保守序列SSU rRNA进行扩增。所有阳性结果均对地区、年龄和性别三种因素上进行数据分析,评估不同因素所带来的统计学差异。对本研究不同样品所鉴别的基因序列均采用邻接法建立进化树进行遗传进化分析,评估种系亲缘关系。研究结果表明,毕氏肠微孢子虫总感染率为12.2%(124/1014),共鉴定出10种基因型,其中3种(BEB6、COS-I和CHG13)是已报道的,7种新发现的基因型命名为NX1到NX7,通过进化树分析发现,所有的阳性样品均属于进化组Group2。十二指肠贾第虫的总感染率为14.5%(147/1014),通过序列分析发现了两种集聚体(集聚体A和E),其中集聚体A分别在bg和tpi位点各发现一种新亚型;集聚体E在bg位点发现10种新亚型,gdh位点发现11种新亚型;并对所有扩增的基因序列进行多位点基因分型,共形成一种集聚体A的多位点基因型。芽囊原虫共有259份样品被鉴定,总感染率为25.5%,共鉴定发现6种不同的基因型,分别为ST1、ST4、ST5、ST10、ST12、ST14,其中ST10数量最多,可能有一定的宿主特异性。隐孢子虫总感染率为1.2%(12/1014),通过序列比对分析共鉴定出两个虫种C.ubiquitum和C.xiaoi.本研究为首次报道毕氏肠微孢子虫、十二指肠贾第虫、芽囊原虫和隐孢子虫在滩羊上的流行情况,明确了这些原虫的不同基因型在滩羊中的分布情况,并对种群结构进行了分析,研究结果不仅为滩羊的这些肠道原虫病的防控提供了科学依据,也对公共卫生提供了数据支撑及参考作用。