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该研究以性别决定方式为温度决定型(Temperature-dependent sex determination,TSD)的扬子鳄(Alligator sinensis)和中华鳖(Trionyx sinensis)为实验对象,采用兼并引物PCR,从扬子鳄和中华鳖的基因组DNA中分别克隆并测序8个和7个HMG盒区,每个盒区长度均为216bp.扬子鳄的8个HMG盒区命名为AS41~48基因,中华鳖的7个HMG盒区命名为TS41~47基因.8个AS基因组成3组(Class),7个TS基因也组成3组,但AS与TS之间没有互相重叠.进一步序列分析表明:AS41~42、TS41~42与非爬行类脊椎动物的Sox-1、-2、-3的氨基酸同源性低于非爬行类脊椎动物包括哺乳类、鸟类、两栖类和鱼类的Sox-1、-2、-3相互之间的氨基酸同源性,.分子系统发生分析表明AS41~42和TS41~42的成簇(Cluster)偏离非爬行类脊椎动物Sox-1、-2、-3同源基因之间的成簇,显示了AS41~42和TS41~42在物种内的特异性进化,并且序列变化一定发生在羊膜动物多样化之后.该研究首次在爬行动物中克隆了哺乳动物睾丸决定基因(SRY)的起源基因(Sox3)的同源序列,有助于进一步研究Sox基因与温度决定型性别决定的关系.为了克隆到与胚胎发育有关的新基因,以孵化一星期的中华鳖(Trionyx sinensis)胚胎的头部、生殖嵴混合组织为原始材料,采用SMART(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)和长距离PCR(LD-PCR)技术,构建了一个中华鳖cDNA表达文库.采用RPGW-PCR(Random Primed Gene Walking PCR)方法,从经EcoRI消化过的中华鳖(Trionyx sinensis)基因组DNA中克隆了CtSox2基因(720bp),它与鼠、鸟的Sox2基因分别有85﹪和91﹪的核苷酸同源性,93﹪和97﹪的氨基酸同源性.进一步分析表明,CtSox2编码的238个氨基酸多肽链含有两个保守的功能区域:位于N端的HMG盒区(1-78aa)和位于C端的转录激活区(131-236aa),以及一个保守的特征性B亚族同源区域(79-90aa)与HMG盒区的C端相连.高度的序列同源性和结构相似性表明CtSox2是中华鳖的直向同源基因.Sox2基因在哺乳类、鸟类、爬行类以及两栖类中极端保守,说明Sox2功能在进化中可能也是非常保守的.CtSox2基因的HMG盒区外的序列信息可以进一步研究它的功能.