90年代初期,全国道路运输监管体系逐步建立。此时,由于道路运输领域执法存在交叉和重复,行政监管权力过于集中,执法犯法、重复执法等乱象屡禁不止。为了解决这些问题,重庆市率先启动改革,于2005年实现道路运输管罚分离,一定程度上规范了执法行为,提高了行政监管效能。2019年开始,全国各地陆续参照重庆模式进行改革,新的管理体制仍有待磨合。管罚分离后,道路运输行政监管现状如何,是否适应新时代道路运输行业发展,如何做好道路运输行政监管,目前都鲜有研究。以重庆市Y区为例,通过实地调研,访问了市、区两级道路运输机构相关负责人和道路运输从业人员,广泛收集相关基础资料和相关数据,运用整体性治理和依法行政理论,对内部资料和客观数据综合研究分析,梳理管罚分离后Y区道路运输行业发展现状、行政监管现状以及相互关系,找出问题,分析原因,推导对策建议。研究发现,管罚分离后进一步规范了行政行为、提升了人员素质、充实了一线力量,但也出现领域缺少完整明确的管理依据、行政监管未全面有效覆盖经营主体、主管部门责任存在错位越位、主管部门的行政监管水平有待提升等问题。产生上述问题的原因主要包括法律法规更新滞后考虑不充分、职责关系界定不清晰不明确、基层监管队伍建设短板明显、行业本身特点影响监管实效、行业内外力量难以充分调动。基于整体性治理和依法行政理论,可以通过深化法治建设、厘清权责关系、充实监督力量、创新监管手段等方法提升基层道路运输行政监管效能和质量。