近年来,药食同源产品因具有促进健康和辅助治疗功能在世界范围内广受欢迎。不同地域来源的产品其品质各不相同。随着药食同源产品市场需求的不断增加,生产者为获取更大利益,其产品的地理真实性得不到确证,因此建立科学、稳定的产地鉴别技术体系可有效促进药食同源产品产业的健康发展。本研究以玛咖、葛根为研究对象,采用电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）、元素分析仪-稳定同位素比率质谱仪（EA-IRMS）和傅里叶变换红外光谱仪（FTIR）分别测定不同地域尺度、不同种植方式药食同源产品的矿质元素指纹、稳定同位素指纹及傅里叶变换红外光谱。利用方差分析、T检验、多重比较、主成分分析、判别分析等方法,分析不同地域尺度药食同源产品产地鉴别的可行性及有效性;分析矿质元素指纹、稳定同位素指纹和傅里叶变换红外光谱对同一地域不同种植方式的葛根（粉葛和野葛）的鉴别效果;明确不同鉴别指标与地域、土壤、水源的相关性,筛选出用于玛咖、葛根产地鉴别的有效指标,并建立判别模型,为药食同源产品产地鉴别技术体系建立提供支撑。主要结论如下:（1）不同技术对不同地域尺度药食同源产品产地鉴别效果不同。对于大尺度地域（不同国别）的样品,稳定同位素指纹、矿质元素指纹和傅里叶变换红外光谱对其鉴别效果均较好,整体正确判别率均高于95%;对于小尺度地域（不同省份）的玛咖、葛根,矿质元素指纹对其产地鉴别效果较单独使用其余两种鉴别技术的判别效果要好,其整体正确判别率均高于80%。（2）不同技术对同一地域不同种植方式药食同源产品的鉴别效果不同。三种技术对同一地域粉葛和野葛的正确判别率为傅里叶变换红外光谱（96.9%）﹥矿质元素指纹（92.2%）﹥稳定同位素指纹（73.4%）。（3）土壤中的Rb、Sr、Ti、Mo和As与药食同源产品中相应指标值呈显著相关;水源中的δ²H和δ¹⁸O与药食同源产品存在相关关系,药食同源产品中δ²H和δ¹⁸O值呈现一定的纬度效应,即随着纬度的升高而降低。（4）多种技术融合对药食同源产品的产地鉴别效果显著提高,且矿质元素指纹在多种溯源技术融合中起着重要作用。