托库孜巴依金矿区位于阿尔泰山西段南缘克兰弧后盆地内，共发现Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ号3个矿床，其均处于同一个二类化探异常内，主要组合元素为Au、As、Bi、W，经流体包裹体和稳定同位素研究表明成矿流体不是单一来源，成矿物质具有深源性，主要来源于地层岩石和岩浆岩。金矿体集中分布在玛尔卡库里深大断裂北东侧400～2000米范围内，赋矿岩石为中泥盆统阿勒泰组上亚组杂砂岩建造。含矿围岩主要为绢云绿泥石英千枚岩、褐铁矿化变长石石英砂岩等。围岩蚀变主要有硅化、绿泥石化、绢云母化、黄铁矿化等。　　 由北西～南东向玛尔卡库里深大断裂（韧性剪切变形带）和次级断裂构造（次级剪切变形带），构成矿区近北西～南东向挤压破碎带，为含矿热液运移提供了运矿通道和容矿空间。成矿有利部位是不同断裂交汇处、断裂产状变化转折部位及断裂局部引张地段。　　 地表矿化蚀变带从其形态及分布来看明显具有“入”字型及“X”型特征，交汇部位则多为矿体的膨大部位，矿体在走向上多呈尖灭再现的规律，延深方向上呈下灭上现的规律。　　 矿床成因属与韧性剪切带有关的蚀变糜棱岩型金矿床。