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金钱鱼（Scatophagus argus）食性广、抗逆性强,是我国东南沿海的名优养殖物种,也是大面积推广养殖的候选物种,经济潜力巨大。开展遗传多样性研究是种质资源保存利用的必要前提及改良物种遗传性状的关键手段。本文利用金钱鱼基因组survey文库分析金钱鱼基因组中微卫星分布特征并开发多态性微卫星标记。使用微卫星、线粒体DNA两种分子标记获取三亚（SY）、海口（HK）、北海（BH）、湛江（ZJ）、珠海（ZH）、高雄（TW）、漳浦（ZP）、罗源（LR）以及乐清（YQ）9个金钱鱼群体的遗传多样性与遗传结构参数,并利用这些参数作为指标对金钱鱼群体遗传多样性与种群历史动态等进行分析。主要结果如下:（1）利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行挖掘并分析其分布特征。金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二至六碱基重复的SSR位点249902个,其中二碱基重复类型的SSR最多（52.64%）。随机选择50个SSR位点并成功开发出23个具有多态性的标记,选择其中的7个标记进行毛细管电泳并检测来自湛江的30尾野生金钱鱼遗传多样性。7个SSR标记位点共检测到58个等位基因,平均等位基因数为8.28,期望杂合度为0.431-0.859,观测杂合度0.417-0.861,多态性含量为0.389-0.830。包含六个高多态性标记和一个中度多态性标记。7个标记中有5个符合哈温平衡且遗传信息含量高;1个标记属于中频无效等位基因的位点,在后续研究中应谨慎使用;1个标记属于高频无效等位基因的位点,不适用于后续研究。对12个来自文献的标记进行筛选,其中有5对多态性良好,可用于后续群体遗传研究。本章获取的11个SSR标记可作为金钱鱼群体遗传学研究可靠的分子标记及优先选用标记。（2）利用11个微卫星标记在9个金钱鱼群体中共计检测到149个等位基因,观测杂合度（HO）范围在0.355（LR）-0.971（TW）,平均范围在0.713（SY）-0769（LR）。期望杂合度（HE）范围在0.431（ZJ）-0.899（TW）,平均范围在0.753（ZJ）-0.781（TW）。平均等位基因丰度（AR）范围在7.387（BH）-8.705（TW）,私有等位基因丰度（PAR）的平均范围在0.128（BH）-0.609（TW）。说明金钱鱼群体整体遗传多样性较高。AMOVA分析显示87.65%的变异来自个体间,只有3.29%来自群体间。金钱鱼群体遗传分化的水平较低,群体间遗传相似度较高,群体间遗传分化与地理距离之间并无显著性关联。UPGMA聚类与Structure结果显示,ZJ、ZH和YQ三个群体为一个遗传簇,其余六个群体形成另外一个遗传簇。群体历史动态分析表明,所有群体均未经历遗传瓶颈。（3）两个线粒体基因及二者的联合序列在9个群体中分别鉴定到34（Cyt b）,162（D-Loop）和174（Cyt b+D-Loop）个单倍型,。单倍型多样性范围在0.963（TW）-0.998（HK）之间;核苷酸多态性范围在0.00856（SY）-0.03808（TW）之间。TW群体同时拥有最多的变异位点（182）、简约信息位点（155）及平均核苷酸差异数（58.7933）,遗传多样性最高。FST结果表明TW群体与其他群体间存在显著的遗传分化。根据两个基因划分的单倍型构建的系统发生树及单倍型网络图均显示9个群体被分为3个谱系,但谱系间不存在地理相关性。两个标记的AMOVA结果都表明来自群体内的遗传变异大于群体间。中性检验及错配分布表明部分金钱鱼群体大约在更新世晚期发生了种群扩张。