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PSMC3基因(ATP酶亚基3)定位于牛9号染色体上,全长约8059bp,共有12个外显子。目前对PSMC3基因的研究主要集中在人类以及小鼠上,而在秦川牛上则未见相关报道,以PSMC3基因作为影响秦川牛体尺及胴体性状的候选基因,探索其与秦川牛体尺及胴体性状的相关性,具有重要的研究价值。本文以秦川牛PSMC3基因为候选基因,首先利用软件DNAman、ProtScale、Netphos、TMHMM、Predictprotein对牛PSMC3基因进行生物信息学分析。然后选取167头在同等条件下饲养的24月龄健康秦川牛为研究对象,通过混合DNA池、测序、PCR-RFLP等技术,检测了PSMC3基因的SNPs位点,并将检测到的位点与秦川牛的体尺性状进行关联分析。研究结果如下:1.PSMC3基因生物信息学分析牛PSMC3基因CDS区共8059bp;亲水性氨基酸占多数为亲水性蛋白;潜在磷酸化位点丝氨酸11个、苏氨酸5个、络氨酸4个;蛋白没有跨膜结构区域;蛋白质二级结构有α-螺旋占44.77%,β-折叠占12.05%,无规则卷曲占43.18%。2.PSMC3基因的遗传变异检测利用测序及PCR-RFLP技术,找出了秦川牛PSMC3基因的4个突变,包含第一内含子位点g.2672、第一内含子位点g.3017、第五外显子位点g.4012、第七外显子位点g.4893,分别命名为T56C、G324A、T140C和G134A。其中突变T56C、T140C处T为优势等位基因;突变G324A处A为优势等位基因,G134A处G为优势等位基因。3.PSMC3基因的群体遗传学分析4个突变位点均为中度多态性(0.25<P<0.5)。位点T56C、T140C处于HardyWeinberg平衡状态;突变位点G324A、G134A处于HardyWeinberg极度不平衡状态。4.PSMC3基因多态性与体尺、胴体性状的关联性分析关联分析表明PSMC3基因突变位点T56C与体高和屠宰率差异显著(P<0.05),与腰角宽性状差异极显著(P<0.01);突变位点G324A与体长性状差异显著(P<0.05);突变位点T140C与腰角宽性状差异极显著(P<0.01),与体高、屠宰率性状差异显著(P<0.05);突变位点G134A与体高性状差异显著(P<0.05)。综上所述,秦川牛PSMC3基因内含子与外显子中存在多态位点且与部分体尺和胴体性状显著相关,显示牛PSMC3基因可考虑作为候选基因加强研究以促进为秦川肉牛的育种工作。