高新技术类上市公司的发展有赖于股票市场的完善与发展,也就是说,股票市场的完善与发展为其提供了重要的基础。与此同时,经营绩效的稳定也对整个国民经济的发展起着非常重要的作用。公司经营绩效取决于公司的治理结构,近几年我国加强了对上市公司治理结构的改革,实行了股权分置改革、独立董事任免制度、管理层激励与证券化率等一系列的措施,希望可以由此提升上市公司的绩效,进而加强公司的竞争实力和可持续发展能力。本文以高新技术上市公司治理结构与公司绩效之间的关系为研究主题,以两权分离理论、委托代理理论、利益相关者理论等公司治理理论和单一指标绩效评价理论Tobin Q,多重指标绩效评价理论AHP、BSC、因子分析法为基础。从公司治理结构具体形式出发,探讨高新技术上市公司治理结构和公司绩效二者的关系。样本选用的是沪深两市87家高新技术上市公司2012-2014年公布的年报及相关数据,运用统计学和计量经济学方法对样本数据进行实证分析和检验,最后根据实证研究结果提出完善高新技术上市公司治理结构的建议。本文从衡量财务活动效率的四大能力出发,依据指标权重大小,结合我国高新技术上市公司的行业特征,选取十二个财务指标构建出综合评价体系,并借助SPSS软件中的因子分析法得出公司综合绩效指标。再从管理层激励、股权结构、董事会和监事会结构三个方面中选出九个变量,运用回归分析法系统地研究了各个变量与综合绩效之间的关系,最终得出实证检验结果,并以此结果为依据,给出优化股权结构、提高董事会决策质量、完善独立董事制度等建议。