农民专业合作社在促进农民收入、农业效率、农村发展等方面有着重要作用。自从2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布以来,农民专业合作社发展势头强劲,入社农户逐年增加。而与合作社数量迅猛增长不相协调的是,合作社的治理问题也在不断突显,主要体现在随着合作社的规模扩张和发展,合作社内社员异质性逐渐增强,社员矛盾不断激化。核心社员占有资源优势,是合作社发展的重要依赖对象,普通社员人口基数大,是合作社稳固成员基础的重要保障,两者对于合作社的发展都具有异常重要的作用,合作社为了实现健康成长、持续发展,必须协调处理好对核心社员和普通社员的治理问题,否则容易导致委托代理问题、搭便车、集体行动困境等问题的出现。关于合作社治理问题的研究很多,其中也有学者从关系治理、契约治理角度考虑合作社的治理问题,但多是单一分析其中某一种治理机制,很少同时关注到合作社的契约治理和关系治理。为了充实关于农民专业合作社治理问题的研究,帮助解决合作社的治理难题,本文借鉴已有的研究,采用理论分析和案例佐证相结合的方法,通过基于资产专用性、交易频率、不确定性的交易成本分析框架分析了合作社对核心社员和普通社员的治理逻辑,在此基础上进一步分析了契约治理和关系治理在合作社发展过程中的转换机理,最后选取典型案例对理论分析部分进行论证分析,以阐明现实生活中合作社的治理逻辑,增强理论分析部分的说服力。研究结果表明,随着合作社发展,合作社对核心社员和普通社员的契约治理强度逐渐增强,而对两者的关系治理强度却在合作社的成长阶段呈现出相反变化,从合作社的成长前期到成长后期,合作社对普通社员的关系治理强度逐渐增强,而对核心社员的关系治理强度则逐渐减弱,这种差异性主要源于合作社在不同阶段的发展需要和异质性社员的特点及其对合作社的相对重要性:合作社的发展阶段越接近于成长前期,合作社生产资源的匮乏使得掌握更多稀缺资源的核心社员对合作社的价值及相对重要性高于普通社员,因而合作社更重视同核心社员的关系建设,对核心社员的关系治理强度也相应高于普通社员;而当合作社的发展阶段越接近于成长后期,合作社稳固成员基础的需求使得普通社员的相对重要性有所提高,合作社对普通社员的关系治理强度也会相应增强。合作社的治理问题从整体上来说,随着合作社发展,契约治理成本会随着制度建设的完善而不断下降,而关系治理成本则会随着人情的淡化、信任的稀释而不断上升,因而越接近于合作社初创期,越适宜使用关系治理机制,而越接近于合作社成熟期,越适宜使用契约治理机制。针对文章的研究结论,本文提出了相关政策建议:一是健全完善合作社发展的外在环境;二是因“时”制宜兼顾效率与公平;三是加强合作社的激励、监督机制建设;四是强化合作社信任、声誉等机制的作用。