自然保护区是我国自然资源保护的主要方式和重要方式，从第一个自然保护区成立至今，保护区的发展日渐成熟，同时问题也逐渐显露。本文通过对我国自然保护区基本情况、生态旅游开发适合度以及保护区功能分区现状的综合分析，讨论了我国自然保护区在发展过程中的一些问题和功能分区上的不合理之处。我国自然保护区最突出的问题就是保护区静态的绝对保护导致保护与发展之间矛盾突出。在这种绝对保护理念指导下的我国的自然保护区功能分区不尽合理，从而引发保护与利用的矛盾。我国自然保护区的建立和管理遵循的是生物中心论——以自然环境的福利为中心的哲学观念，导致保护区在功能分区上与自然保护区的公共物品属性相悖，自然保护区在划分功能区时对于保护区和社区的发展需要考虑甚少，致使保护区与当地政府、社区、开发商之间矛盾冲突不断。另外，我国保护区的科学研究支撑不够、功能分区中对于管理目标的不明确等问题都是妨碍我国自然保护区有效管理和发展的因素。 论文用碧塔海省级自然保护区为例来说明我国的自然保护区如何通过功能分区来寻求保护与利用之间的平衡。碧塔海的国家公园分区模式、强调社区参与等都为我国自然保护区的建设和发展提供了借鉴。最后，论文提出了我国自然保护区功能分区调整的一些构想，包括分区思想、分区原则、分区调整构想，并对我国开发生态旅游的自然保护区进行了功能区的划分。主要的结论如下： (1)自然保护区功能分区必须从理念上对其有一个全新的认识。从生物中心论转向人地协调论，为保护而开发，以开发促保护。 (2)我国自然保护区的功能分区应与IUCN的保护地分类体系协调，对核心区、缓冲区和实验区进行重新认识和界定，对不合理的地方进行调整。在实验区开展一般的生态旅游，在缓冲区开展严格的生态旅游。在此基础上，将开发生态旅游的保护区的功能分区分为两种模式，一种模式是严格保护区与国家公园区，另一种模式是严格保护区与生态旅游区。 (3)我国类型众多的自然保护区应有多种分区原则，对不同类型的保护区采用不同的分区标准，对有居民居住的保护区和无居民居住的保护区采用不同的分区标准，对开发生态旅游的保护区和不开发生态旅游的保护区采用不同的分区标准。 (4)自然保护区的功能分区应该有利于协调保护与利用的矛盾，协调保护区与地方政府、旅游企业、社区之间的矛盾。 (5)自然保护区的功能分区需要建立在大量的科研实践工作基础之上。