本文首先对内生真菌的国内外研究概况及其研究意义进行了综述。从内生真菌的分布、生物多样性、代谢物质的多样性到内生真菌的生物学作用做了介绍，并且对石斛植物的生物生态特性及应用价值做了简单概述。 在试验研究方面，主要是进行石斛内生真菌的分离，形态学和分子生物学鉴定。本文就常规内生真菌植物组织分离法中常存在的疑问，即是否能保证从植物组织分离到的菌是内生真菌而不是附生菌，首次采用自命名的组织印迹培养法，确定如何区分组织内生真菌与表面附生菌。介绍了如何尽可能全面地从植物中分离到内生真菌的方法。 本文比较系统地调查了石斛内生真菌的生物多样性，对分离纯化的110株内生真菌，通过形态学与分子生物学两种鉴定方法相结合，鉴定出23属真菌，分属于三亚门，6纲，9目，14科，23属，显示出石斛内生真菌的生物多样性比较广。确定石斛内生真菌优势菌群是小丛壳属(Glomerella)，刺盘孢属(Colletotrichum)，拟茎点霉属(Phomopsis)，链格孢属(Alternaria)，炭角菌属．(Xylaria)。分析比较了石斛内生真菌中的大型真菌和病原菌，并对宿主植物致病机理提出自己的看法。 本文报道了在人工培养基上培养出三株内生真菌产大型有性繁殖结构(除已报道分离培养出担子菌石斛小姑外，内生真菌中的子囊菌产大型有性繁殖结构属首次报道)并介绍了培养方法。经形态鉴定菌株Dm01是炭角菌属(Xylaria)，种鉴定为尖顶炭角菌(Xylaria apiculata)，并经分子鉴定方法确定。而它的无性型可能是镰孢菌属(Fusarium)。 本文报道了通过形态学和分子生物学方法确定内生于石斛的炭角菌属(Xylaria)分别属于三个类群 本研究通过建立卤虫卵初筛有抗癌活性菌株的模型，对分离的十属特殊菌株初步进行了具细胞毒活性的筛选，为进一步筛选抗癌活性物做准备。 本研究首次鉴定出内生于石斛的又一类微生物 小球藻．报道了分离小球藻的特殊方法，并推测内生于石斛的小球藻的生物学作用可能有助于增强宿主石斛的光合作用。